初号機に酷似した、長い1本の角をもつ、4眼で紫色の機体。本作品中盤で完成したNERV所有機。複座式（ダブルエントリーシステム）で、エントリープラグおよびプラグソケットがそれぞれ2つあり、シンジとカヲルが搭乗する。このシステムは、建前上はセントラルドグマにある2本の槍を持ち帰るのに魂が2つ必要であることによるものとされているが、実際は覚醒によりDSSチョーカーが作動して片方のパイロットが死亡しても生存しているもう片方のパイロットによりフォースインパクトを継続させるという「ゼーレの保険」としての意味合いの方が強い。本来の腕とは別に、胸部に2本の腕が格納されており、これを展開することで計4本の腕を持った異形となる。肩パーツに装着したコンテナにA.T.フィールドを展開するラグビーボール型の浮遊する子機「RS Hopper」を計4機格納しており、攻守に力を発揮するが、第13号機本体はA.T.フィールドを持たない。正体は「アダムスの生き残り」とされる。
『Q』では第10の使徒戦で失った右顔面・左腕を機械パーツで補修した、サイボーグじみた（あるいはサイバネティックス化した）外貌の「改2号機」として登場。8号機と共にWILLE所有となり、戦況に応じて装甲・武装を換装する仕様が取られるなど、NERV所有のEVAと比較し汎用兵器としての側面が強くなっている。バッテリーが切れると戦闘不可になるが、完全に動けなくなるわけではないため自分で予備のバッテリーパックを用いて電力補給が可能。
劇中冒頭では、左腕義手として巻き取り式ロープガン、本体の2.4倍以上の超巨大な背部ブースターを装備し、宇宙空間での活動に特化した「改2号機β」として登場、宇宙空間でMark.04からの攻撃を躱し、8号機の支援も受けた末に初号機の奪還に成功。
水中でのヴンダー主機点火作業以降は、本物の腕より一回り太い形状（前腕部以降をガトリングガンへと換装可能）の左腕義手および、β仕様以前より堅牢な装甲を装備した「改2号機γ」として運用された。ヴンダーの動力炉に強制点火したり、新装備である双刃の薙刀を振るってMark.09や第13号機との戦闘を行なうなど奮闘、「アダムスの器」としてヴンダー奪還を図ったMark.09を止めるべく。
「コード777（トリプルセブン）」のモードチェンジにより、前作『破』での獣化第2形態（第1種）からさらに尻尾やネコ科の獣のような牙が発生した「獣化第4形態（第2種）」へと変形し奮戦、アヤナミレイ（仮称）の脱出後体内にガトリングガンを撃ち込むも、Mark.09の全身がコアであるためすぐに再生されてしまい、最終的にMark.09もろとも自爆、機体の一部のみが8号機とともに回収された。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』では、初号機の起こしたニア・サードインパクトから14年後、反NERV組織であるWILLEが運用している。「ヴィレカスタム」の表記から、元々NERVが建造していたがWILLE結成時に強奪されたと思われるが、詳しいことは明らかにされていない。『Q』序盤は14年前に運用されていた2号機と同じようなボディの「8号機α」として登場。後に改修を受け、「8号機β」となった。こちらはボディが太くなったほか、手首から腕にかけて篭手のような防具が追加されている。劇中ではロングバレルの超長距離ライフルやハンドガンといった銃器を用いたほか、予備のバッテリーパックなどを運搬して改2号機をバックアップした。
反NERV組織「ヴィレ」が保有する巨大戦艦。劇中ではヴンダーと呼称され、艦長は葛城ミサト大佐、副長は赤木リツコが務める。AAAは「Autonomous Assault Ark（自律強襲方舟）」、ヴンダーはドイツ語で「奇跡」を意味する。赤木リツコは「希望の船」とも発言している。
長い二重螺旋状の構造からなる中央船体の上部左右にエンジンを含めたブロックが1対ある三胴構造で、さらにその両脇に巨大な主翼がある。本来はエヴァMark.09（アダムスの器）がその主であったとされるが、作中ではヴィレが初号機を主機（メインエンジン）として組み込み利用している。エヴァのエントリープラグに似た形状の円筒が5本あるが、エヴァの身長ほどもある巨大なもの。艦の全長は公式に明言されているかどうかは定かではないが、ヴンダーとエヴァ、そしてヴィレ所属の護衛艦とのサイズ比較、それに加えて、『シン・エヴァ』で「艦内移動用の鉄道が存在する」ことが確認できたことにより少なくとも全長2000m以上あることが確認できる。
通常と戦闘用のものがあり、通常時の艦橋は前方下部にあるエヴァの頭部状の箇所。その上方には球形の戦闘艦橋があり、使用時には内部にL.C.L.ガスが充填され、エヴァのエントリープラグ同様に全方位ディスプレイとなっている。オペレータ席が7席あるが、うち1席は空席。艦橋後方には「MAGI」の文字が確認できるが、オリジナルの物であるかは不明。
主機点火時にはエヴァ覚醒時と同様に天使の輪が二重に現れ、艦隊ごと空中へと浮上する。主機（エヴァ初号機）から供給されるエネルギー貫通弾を用いた主砲はネーメジスシリーズ（コード4C）のA.T.フィールドをも粉砕するほどの威力があり、また、A.T.フィールドを用いた体当たりも可能である。その戦闘能力は「神殺しの力」と呼ばれる。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』に登場するNERV所属のEVA。装甲の仕様・カラーリングは零号機に酷似している（シンジも初見時には零号機と誤認した）が、頭部のカメラアイが顔面部の大半を占めるほど極端に大きく、全体が眼球のように可動式になっているのが特徴。汎用兵器としての用途も若干残されているが、電力供給を必要としないどころか、A.T.フィールドは無く、機体全体がコアとなっていることから、全身を一度に殲滅でもされない限り頭を吹き飛ばされようが稼働に支障をきたさない上、長距離飛行用の巨大なブースターパックを有機的な変形によって背面に展開できるなど、疑似シン化形態の初号機や第13号機に近い人外の領域のエヴァンゲリオン。第13号機の覚醒後は、頭上に光輪が出現し飛行能力を発揮、さらに光線を放つようになる。WILLEからはヴンダー本来の主たる「アダムスの器」と認識されている特殊な機体である。近接戦闘時は大型の鎌を武器とする。
発艦後のヴンダーを急襲、検体として監禁されていたシンジを鹵獲し、8号機の銃撃により頭部を丸ごと吹き飛ばされてもものともせずNERV本部に連れ帰った。第13号機のセントラルドグマ降下時には、支援および復活するであろうMark.06への対処のため同行し、妨害に現れたWILLEの所有するEVA（エヴァ改2号機、エヴァ8号機）を交えて奮闘、その後第13号機が2本の槍を抜いた為Mark.06内部の第12の使徒が復活、その時にMark.06の首を切り落とした事により第12の使徒がMark.06の首から出現し、第13号機の覚醒のトリガーとなる。その後第13号機の覚醒に伴いアヤナミレイ（仮称）のコントロールを離れ、ゼーレのシステムを基に自律稼働を開始、第13号機の鎮圧に現れたヴンダーに光線を放ち、その艦橋に同調した形状の12の眼をもつ頭部を再生する、着艦後機体色をヴンダーの艦橋色に変色させる、装甲が剥がれた腹部にあるデコイのコア上に仮面のような物体を持っているなど、ヴンダーの「本来の主」としての機能を遂行する異形の形態「第1のアダムスの器（移行中間形態）ゼーレ仕様」に変貌、触手状に変異させた脚部でヴンダーの主機に干渉、浸食してシステム奪還を図ったが、獣化形態となった改2号機に噛みつかれ、アヤナミレイ（仮称）の脱出後、改2号機の自爆によって殲滅された。
コード4A、4B、4Cの3種類が存在し、いずれも従来のヒト型のEVAとは形状が全く異なり、コアブロックと呼ばれる弱点をもつ本体は円盤状。また固有波形パターンは使徒と同じ「青」とされるが、モニター上ではニアリーイコールとなっている。
US作戦時に改2号機を襲撃した機体（数体）。モニター内の表示は「Mk.04A」。黒い円盤状で、コアが2つ、初号機の肩パーツ状のものが4本、長い棘状の突起が4本ある。アンチA.T.フィールドを展開し、散弾を放つ。いずれも8号機の援護射撃で破壊された。
US作戦時に改2号機を襲撃した機体。初号機とともにNERVロゴのある封印容器に格納されていた。黒い円盤状で、コアが1つ、初号機の肩パーツ状のものが2本、折りたたまれた帯状の「フィールド反射膜」を4本もつ。フィールド反射膜による強力な光で改2号機を襲う。フィールド反射膜の上を滑るように移動し逃げるが、一時覚醒した初号機の放つ光線により破壊された。破壊時には形象崩壊し、虹の輪が現れた。
ヴンダーを襲撃した機体（計4体）。「ネーメズィスシリーズ」とも呼ばれる。モニター内の表示は「Code 04c」。接触した巡洋艦が消滅する「光の柱」を多数出現させ艦隊を包囲しヴンダーに迫るが、擬装コクーン内に潜伏していたコアブロックをヴンダーにより引きずり出され、エネルギー貫通弾の連射により破壊された。コアブロックは黒い円盤状で、コアが16個、初号機の肩パーツ状のものが32本、帯状の腕を16本もつ。破壊時には形象崩壊し、虹の輪が現れた。
