EVANGELION Mark.04（コード4A）

コード4A、4B、4Cの3種類が存在し、いずれも従来のヒト型のEVAとは形状が全く異なり、コアブロックと呼ばれる弱点をもつ本体は円盤状。また固有波形パターンは使徒と同じ「青」とされるが、モニター上ではニアリーイコールとなっている。

US作戦時に改2号機を襲撃した機体（数体）。モニター内の表示は「Mk.04A」。黒い円盤状で、コアが2つ、初号機の肩パーツ状のものが4本、長い棘状の突起が4本ある。アンチA.T.フィールドを展開し、散弾を放つ。いずれも8号機の援護射撃で破壊された。