第10の使徒戦では、「世界がどうなっても綾波だけは助ける」というシンジの意志の下、擬似シン化第1覚醒形態へと変化。シンジにコントロールされた状態で秘めた能力を開放した。その際は拘束具の蛍光グリーンの部分が赤に変色し、頭上に天使の輪のような光輪（エンジェル・ハイロウ）が出現。A.T.フィールドで形成した左腕を変化させての攻撃や、両目から光線を放つなど使徒のような攻撃を見せ、使徒のコアから零号機のコアをレイごと摘出した。プラグ深度は180以上にも達しており、リツコをして「人の域を超えた」と言わしめた。まもなく、レイの姿を取った巨大なヒト型（サルベージされた零号機のコアを基点に、形象崩壊した使徒の体液が集まったもの）と融合し、セカンドインパクト時に出現した4体の光の巨人と酷似した三眼の光の巨人「擬似シン化第2形態」へ到達してサードインパクトを発生させかけたが、月面から降下してきたMark.06が投げたカシウスの槍によって初期段階で阻止され、ニア・サードインパクトに留められた。その後、シンジとレイをエントリープラグ内に取り込んだまま活動を停止、凍結される。
初号機・零号機同様カラーリングが若干変更されると共に、額部に短い角飾りが追加されている。NERVユーロ支部で建造された後日本本部へ移送、その最中の第7の使徒登場に伴い輸送機から即交戦に入り見事勝利、以来零号機・初号機と組んで使徒殲滅にあたるが、3号機の到着によって「各国はEVAを3体までしか所有出来ない」というバチカン条約に抵触、ユーロ支部の命令で一度凍結された。新武器として超電磁洋弓銃、サンダースピアを使用したほか、左右両方のウェポンラック内部にナイフホルダー、および連装ニードルガンのペンシルロックを固定装備として格納してあり、劇中で最も多種多様な武装を使用した。第10の使徒襲来においては、マリが凍結を無断解除してアスカの代わりに搭乗。裏コード「ザ・ビースト」により「獣化第2形態（第1種）」へと変形し、第10の使徒のA.T.フィールドを全て破壊するなど奮戦するも、第10の使徒の圧倒的戦闘力には及ばず左腕と右顔面を失い中破、避難していたシンジをシェルターからジオフロントに連れ出した後、活動を停止した。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』のラストシーンにおいて登場する月面の黒い巨人をベースに建造された。建造中の巨人の頭部の仮面は旧世紀版の第2使徒リリスのものと酷似している。ゲンドウ曰く「建造方式が他とは違う」エヴァンゲリオンである。『破』の序盤では月面のタブハベースにて建造中であり、建造現場上空をゲンドウと冬月が視察に訪れたが、ゼーレが上陸を拒否している。ゼーレが「真のエヴァンゲリオン」と呼称し、当初NERVに報告することなく建造が進められていた。終盤で完成、カヲルが搭乗してNERV本部上空に飛来。サードインパクトを起こしつつあった初号機を手にしたカシウスの槍で停止させた（ニアサードインパクト）。『序』『破』の予告では「エヴァ6号機」と、劇中では「マークシックス」（Mark.06）と呼称されている。バイザー内部には初号機と似たような形状の双眼がある。また、覚醒した初号機と同様に頭上に光輪を持ち飛行能力を有する。本機以前のエヴァンゲリオンよりひと回り大きく見える描写があるが、実際に設定上のサイズ差が存在するかは不明。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』から『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』までの劇中経過年数14年のうちに自律型へ改造され、セントラルドグマ最深部でサードインパクトの起点となったが、加持リョウジの犠牲によって自らのコアとリリスの胸を槍で貫き停止した。その後、サードインパクト停止時に頭部と破断したリリスの胴体とともにセントラルドグマ最深部に放置されていた。第13号機により槍を引き抜かれた際に、体内の第12の使徒が活動を再開するが、アヤナミレイ（仮称）の乗るMark.09によって首を落とされ、Mark.06は活動を停止する（体外に出た第12の使徒は第13号機に吸収された上で、コアは噛み砕かれた）。
肩や脊椎に打ち込まれたリミッターが排除され、胴部装甲を半ば覆うように身体が拡張する。リツコによると「ヒトを捨て闘争に特化させた形態」であり、身体能力は格段に向上するが、プラグ深度が汚染区域に入るなどパイロットにも相当な負担がかかる。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』に登場。フェイスマスクが赤色になっているなど、旧世紀版とは細部カラーリングが異なる。旧世紀版ではシンジの親友である鈴原トウジが搭乗したが、新劇場版ではアスカが搭乗する。初号機のダミーシステム（旧世紀版ではダミープラグ）により機体はバラバラに引きちぎられるが、手で握りつぶす描写だったエントリープラグの破壊は、噛み潰される描写へと変わっている。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』に登場するEVA。名称が示す通り、汎用性に優れた他のEVAと大きく異なり、NERV・ベタニアベースに封印されている第3の使徒の封印監視を目的に、同施設内での運用に特化した特殊な形態・機能を持つ。急造品の機体であるためか、プラグスーツは旧式で、シンクロ開始時に苦痛を伴う。加えて、インテリアと腕部がケーブルでつながれていてパイロットの身体の動きが制限される、インダクションレバーのトリガーの数が多いなど、機体制御や操縦システムに粗が目立つ。
頭部と胴部は従来のEVAとほぼ同様の形状をしているが、下半身は4本足の多脚型で先端には車輪のようなものがあり、狭い空間でスムーズに旋回などを行うことが可能。脚部にはブースターノズルを装備している。また、胴体の下部にはカバーで覆われたドリルが二つ装備されており、緊急時の急減速の際にはカバーを排除し地面に突き立ててブレーキ代わりに使用する。腕はヒジから先が二本爪のマニピュレーターを備えた義手として機械化されており、さらに右腕はこの義手を差し込む形で保持される長大なランス（対使徒専用殲滅兵器「簡易式ロンギヌスの槍（似非復元型）」）を装備している。ただし、これらの仕様はマリに言わせると「鈍重」「パワー不足」とのこと。
機体の特性上アンビリカルケーブルは無く、代わりに肩部ウェポンラックの先端にあるトロリーポールによって電力を得ており、そこから背面へ伸びるケーブルによって本体に電力を供給している。背面にはSSTOに似たシルエットを持つ脱出ユニットを背負っている。エントリープラグが挿入口から射出され、ユニットと連結、その後にユニットに装備されているブースターが点火され機体から分離し飛行するというシークエンスで脱出が行われる。
『破』冒頭で、復活した第3の使徒と交戦。地下の「辺獄エリア」から「アケロンエリア」への脱走を許すも、マニピュレーターで使徒のコアを握り潰す。その際、稼動状態がフルパワーに達したためか、暴走時の初号機と同様に顎部の拘束具を引きちぎりながら口を開く描写がある。直後にマリは自爆プログラムを起動し自らはエントリープラグごと脱出、機体を道連れに自爆し、使徒を殲滅した。劇中ではこの一件自体が5号機と第3の使徒を葬り去るためにゲンドウらの指示で加持リョウジが工作したものであることが示されている。
システムボイスはMAIが担当している。
『破』に登場。複数の足が生えた球形の胴体（設定画ではトラス状の拘束具で二つ折りにされているようにも見える）から生えた骨状の蛇もしくは龍のような首と尾に、血管のような赤色と青色のケーブルもしくはパイプが配され、首にはエントリープラグソケットが埋め込まれているという、EVA同様に生物と機械の折衷のような外観となっている。頭部から放つ光線を主な武器とする。
発見時は永久凍土内で休眠状態にあり、人類による解体調査を受けた後、NERV旧北極基地のベタニアベースに封印されていたが、加持の手引きによって封印を解かれ、活動を開始したところ、マリの操縦するEVA仮設5号機と交戦、ベタニアベースの地下トンネル天井部を光輪状のエネルギーで掘削して地上部のアケロンエリアへ脱出するも、仮設5号機に簡易式ロンギヌスの槍（似非復元型）で首を貫かれて身動きを封じられ、マニピュレーターで口腔内のコアを握り潰されて殲滅された。デザインは主に鬼頭莫宏による。
『破』に登場。衛星軌道上からNERV本部を目指して落下するという性質はテレビ版の第10使徒サハクィエルと同じだが、A.T.フィールドが光を歪めるほど強力である。遠目には「目のような模様が描かれた黒い球体」にしか見えない。身体の一部を切り離しての弾着修正も行うことなく、A.T.フィールドを安定翼のように用い自ら軌道修正をしながら落下する。A.T.フィールドの位相変異後（テレビ版の第12使徒レリエルに似た模様をもつ球体にサイケデリックな彩色を施したような姿）は、その姿が衛星軌道上からもハッキリと確認できるほど巨大である。この球体が花弁のように展開し、真の姿（テレビ版のサハクィエルに同心円状の彩色を施し、ヒト型の羽根状のものを無数に生やしたような姿）を現す。
落下地点へ最初に到着した初号機に受け止められるも、中心部からヒト型の本体が現れて初号機と対峙、直後に腕を巨大な槍と化して初号機の両掌を貫通し撃退を試み、加えてコアを高速で動かすことができ、続いて到着した2号機の攻撃を一旦はかわしたが、最後に駆けつけた零号機にコアを鷲掴みにされ動きを封じられたところを、2号機のプログレッシブ・ナイフに刺され、とどめの膝蹴りを食らいコアは破壊、形象崩壊した。その巨体ゆえに形状崩壊後の質量も他の使徒とは比べ物にならず、津波の如く流出した血液により第3新東京市は少なからぬ損害を被った。
基本的な形状と能力はテレビ版の第13使徒バルディエルと同じ「侵食タイプ」だが、テレビ版と違い粘菌状ではなく、コアがエントリープラグを浸食して一体化している。テレビ版では分析パターンがオレンジと判別されたが、新劇場版では他の使徒同様ブルーと判別された。
『破』ではアスカをテストパイロットとして起動実験中のEVA3号機を乗っ取ると第3新東京市へ侵攻、3号機のプラグ深度は危険域に突入し、プラグ挿入部にまとわりついたアメーバ状の形成物によりプラグ射出信号も受け付けず、初号機と交戦した際、両腕を封じられたため肩のウェポンラック部分から新たに生えた腕で初号機に浸食を試みたが、ダミーシステムによって制御された初号機によって3号機を破壊され、エントリープラグごとコアを噛み砕かれ殲滅された（このとき虹がかかるが、十字は出ていない）。
テストパイロットのアスカは生存が確認されたが、当使徒による精神汚染が懸念されたため隔離措置をとられた（肉体的な損傷に関しては不明）。
『シン・エヴァ』ではアスカの左目に封印されていたことが明かされ、第13号機の無力化のためにアスカがその封印を自ら解いた際にヴンダーにて「パターン青、第9使徒」と認識されている。最終的に新2号機αのエントリープラグごと第13号機に噛み砕かれる（十字が出る）。
破』に登場。頭部のデザインはテレビ版の第14使徒ゼルエルとほぼ同じだが、全体の形状は大幅に変化し、サイズもひとまわり大きくなっている。胴体は帯状のものが巻きついて構成されており、自在に身体形状を変化させられる。当初は手足の無い姿だったが、形状を変化させると帯状組織がほどけてヒレのようなものが大量についたような姿になる。冬月が「最強の拒絶タイプ」と称するように、頭部から放つ光線で第3新東京市とNERV本部を隔てる24層の装甲板を一撃で貫通する圧倒的な攻撃力を見せた他、A.T.フィールドも一枚ではなく何重にも重ねて展開することができ、巨大なフィールドで防御することも出来れば、極めて近距離で小型のフィールドを数枚展開することも可能なため、非常に高い防御力を持つ。さらに、このフィールドの層を相手に向かって連続して展開し、そのまま吹き飛ばすことが出来る。またDVD、Blu-ray版では、A.T.フィールドの塊をマリが乗った2号機に落とすシーンも追加されていた。攻撃接近戦においてはヒレの最も長い一対を円柱状に束ね、太く鋭利な触手として一気に突き出して攻撃を行う。
「裏コード ザ・ビースト」を実行した獣化第二形態の2号機とN2ミサイルでの零号機の特攻を一蹴、その後レイを乗せたままの零号機を捕食し、融合して体部が白い裸体の女性に変容する。同時に識別パターンも零号機の物に擬態したことで、NERV本部最深部 (L-EEE) に達すると自動起動するはずの施設自爆機能も無効化し、NERV本部地上部を破壊するとセントラルドグマへ降下し発令室に侵入。目の前のミサトたちに光線を放つ直前、シンジの搭乗する初号機に阻止されてケージまで押し戻され、光線で初号機の左腕を吹き飛ばすもシンジの猛攻にA.T.フィールドを展開する間も無くジオフロントまで後退させられる。馬乗りになった初号機に一方的に殴られた後ヒレを引きちぎられかけるも、初号機が内部電源を消費し活動を停止すると直ぐ様初号機を貫く。しかし、取り込まれたレイを救出しようとするシンジの強大な意志によって再起動した初号機に圧倒され、使徒自身のコアは零号機のコアを引きずり出された際に破壊され形象崩壊し、液状となった使徒の組織は零号機のコアを中心にレイの姿をとり初号機に吸収された。
