最後的EVA型號，機體結構和其他EVA大相逕庭，被碇源堂稱為第四次衝擊之儀式中的「最後道具」。配色酷似初號機，但在紫色的基礎上增加了更多的黃黑紅三色元素，初次亮相於《福音戰士新劇場版：Q》。唯一一台搭載雙插入栓操作系統的EVA，意即為由兩人同時操作，有兩雙眼睛和兩對手臂（一對眼睛對應一位駕駛員，上排對應駕駛員α,下排對應駕駛員β），身材也比其它EVA型號更加高大。雖然設計爲雙人操作，但單人同樣也可以驅動第13號機，同時也不會因爲其中一個駕駛員死亡或離開而停止運作。它由第三次衝擊中四個Adams中的最後一個製成，所以也有「Adams的倖存者」之名。與初號機同被譽為「神之EVA」，地位和戰力一同立於頂點，初號機象徵「希望」，第13號機則象徵「絕望」，兩者完全同步，互相熟知，如同朗基奴斯之槍和卡西烏斯之槍，是形同相對的存在。
第13號機爲了執行儀式而生，所以並沒有配備常規武器，而且也沒有製造AT力場的能力，取而代之的是四枚叫做「RS Hopper」的浮游裝置，會依照駕駛員的意思移動和產生AT力場作為防守之用。第13號機可以像使徒一樣從眼部發射光綫，威力相當巨大，足以一發擊破使徒化的明日香，但這一著在《福音戰士新劇場版：終》中才展示出來。第13號機其實暗中搭載了傀儡系統以保證任務確實執行，在該系統上綫後其眼睛會由黃色流綫狀變成赤色的腫脹狀。使用尼布甲尼撒之匙後的碇源堂可以遠程操作第13號機。
本機於《福音戰士新劇場版：Q》的劇情中段完成，建造場地位於NERV的本部。當時表現為13號機從一個充滿疑似LCL液體的紅色「卵」中破繭而出，情形如同羊水膜破裂後新生兒出世，其另外兩隻手交叉放在胸口並由裝甲包覆隱藏。第13號機有獨一無二的解開中央大垂直溝封印的能力，其任務便是突破封印並將插在莉莉絲身上的兩把長槍拔出來。但在接近長槍途中，渚薰忽然察覺到異樣而陷入沉思，此時第13號機也遭遇到2號機和8號機的阻擊。真嗣獨力操作機體一輪戰鬥後甩飛2號機，不顧渚薰勸阻一意向長槍進發。在接近長槍後，渚薰的操作權限被計劃好於此刻上綫的傀儡系統篡奪，兩雙眼睛化爲紅色並露出真面目，胸前的交叉裝甲內部的一對手破出，兩對手齊力將兩把朗基努斯之槍拔起。吞吃逃出來的第12使徒並吸收了其生命之果後，第13號機覺醒。其肩膀裝甲脫落，長出紅色尖角，機通體變白同時肩膀紅色尖角變白形成「翼」，身後出現大小兩光圈，進入了可能是擬似神化第3+狀態(近乎等同神的存在)，左右手各握一桿長槍衝上半空並且打開了靈魂之門(Guf之門)。後來，渚薰以雙槍刺入13號機，並企圖以自己的死中斷儀式，然而第13號機正是為了避免駕駛喪命中斷儀式才被設計為雙人搭乘，此時第13號機雖然下排眼睛熄滅，但並未停止行動。最後駕駛8號機的真希波一躍而上強制排出了真嗣的駕駛栓，第13號機失去兩個駕駛員終於關機，由白恢復成原紫色塗裝。靈魂之門完全關閉，第13號機也因沒有駕駛員操作而直接墜落到地面上，失去蹤影。
《福音戰士新劇場版：終》中經過綿長的修復階段後再次作爲儀式執行者登場，揭露已在「Q」達成讓其覺醒的目標，並且這次是由碇源堂來操作。第13號機秒殺並吞噬使徒化的明日香後，再次變爲Q中出現過的全白神化狀態，成爲發動衝擊的媒介，並帶著初號機一起進入反宇宙。一番波折後真嗣在反宇宙中奪取初號機和第13號機大打出手，但在武力上完全不是對手，兩者於是展開對話。最後，爲了讓真嗣創造新的世界，第13號機擁抱著初號機，將蓋烏斯之槍插入胸口，同時貫穿所有EVA,將它們從世上徹底消除。碇源堂也了了他與其妻碇唯死在一起的心願。
