勇、卡爾德與謬自幼便在殖民星伊甸一同成長，是無話不談的老朋友。勇與卡爾德立志投身航空事業，而謬則夢想成為一名歌手。然而，高中畢業時，一場突如其來的意外讓他們各奔東西，也使得謬放棄了成為歌手的理想，選擇成為一位務實的商人。
時間來到2040年，地球統合軍為了替換老舊的VF-11戰鬥機，啟動了一項名為「超新星」的計畫，研發新一代可變型戰鬥機。此時，卡爾德以通用銀河公司試飛主任的身分，負責在伊甸的「新愛德華基地」進行YF-21的測試工作。而勇，已成為統合軍中尉，受命調回故鄉伊甸，擔任另一競爭團隊的試飛員，參與YF-19的測試。同一時間，謬也以「夏濃之蘋果」經紀人的身分回到伊甸，為公司籌備造勢活動。命運安排下，三人意外重逢，回到了那片承載著他們青少年回憶的土地。然而，重逢的不僅是友誼，還有埋藏多年的矛盾與心結。在新仇舊怨的糾葛中，勇與卡爾德於「超新星」計畫中展開了激烈的較量。
與此同時，統合軍正秘密研發一項足以顛覆戰爭模式的計畫——無人戰鬥機「鬼魂X-9」，並計畫在第一次宇宙大戰勝利紀念日發表。這個計畫的陰影，逐漸籠罩在「超新星」計畫以及勇與卡爾德的命運之上。
這一次，他們將不得不直面過去的恩怨，為彼此之間的矛盾做出最後的抉擇。
