皇曆2010年8月10日，世界唯一的超級大國神聖不列顛尼亞帝國因地下資源櫻石與日本對立，並宣戰進攻日本。日本被占領後，不列顛尼亞將其稱為「第十一區」。日本人被蔑稱為「Eleven」，失去了自由，並受到不列顛尼亞總督的統治。不列顛尼亞利用稱為「Knightmare Frame」的人型兵器，將世界的三分之一納入其控制之下。
日本被侵略七年後，居住在日本的不列顛尼亞少年魯魯修·蘭佩路基從神秘少女C.C.（C.C.）那裡獲得了可以強制他人服從自己命令的絕對遵從之力「Geass」。魯魯修為了替被暗殺的母親報仇，並為妹妹娜娜莉創造一個安心生活的場所，他戴上面具隱藏真實身份，自稱「ZERO」，組建了反抗組織「黑色騎士團」，向不列顛尼亞帝國發起挑戰。
魯魯修面對的敵人包括由皇女科內莉亞率領的不列顛尼亞軍隊，以及駕駛最新型Knightmare Frame「蘭斯洛特」的幼年好友樞木朱雀。黑色騎士團在魯魯修的智謀和Geass的力量下，以及日本反帝國游擊隊和支持者的協助下，勢力逐漸壯大。
科內莉亞的妹妹尤菲米亞任命朱雀為專屬騎士，並宣佈在富士地區設立「行政特區日本」，向ZERO呼籲和解。在開設紀念典禮當天，魯魯修與尤菲米亞密談並同意合作，但由於Geass暴走，尤菲米亞開始對日本人進行大規模屠殺。魯魯修被迫擊殺尤菲米亞，並宣佈成立「合眾國日本」。
隨著各地暴動的興起，ZERO率領黑色騎士團進軍東京租界，發動「黑色叛亂」。然而，神秘少年V.V.（V.V.）將娜娜莉帶走。魯魯修前往神根島尋找娜娜莉，失去指揮官的黑色騎士團陷入混亂。魯魯修在神根島的遺跡中被追趕而來的朱雀揭露了真面目和Geass的秘密。魯魯修呼籲與朱雀聯手尋找娜娜莉，但朱雀拒絕。兩人情緒激動，互相對準對方開槍。
