二重太陽サンズを中心に5つの惑星を擁するペンタゴナワールド。統一された世界は、類稀なる美貌と不老不死の肉体をもつ絶対的指導者オルドナ・ポセイダルの統治下にあった。しかし、長く続いた治世はやがて腐敗や格差を生み、文明の退化や治安の悪化が深刻になりつつあった。
惑星コアムの片田舎に住む若者ダバ・マイロードは、親友で整備士のミラウー・キャオを伴い、青雲の志を胸に旅立つ。旅の目的は、行方不明の義妹クワサン・オリビーを探すためでもあった。ダバは父の形見であるA級ヘビーメタル「エルガイム」を駆って、旅の行く手を阻む山賊たちや、同じく立身出世を夢見て旅立った青年ギャブレット・ギャブレーと激しい戦いを繰り広げる。
旅の途中で、ダバは元山賊の娘ファンネリア・アム、ポセイダル正規軍「13人衆」の一員でありながらダバに惚れて仲間に加わったガウ・ハ・レッシィ、見世物小屋で働かされていたところをダバに助けられた妖精リリス・ファウと出会い、仲間に加えていく。
ある日、ダバは瀕死の男から、100万ギーンの手形を謎の人物アマンダラ・カマンダラに届けるよう託される。「死の商人」としてポセイダル正規軍と反乱軍の双方に兵器を売り、紛争で巨万の富を得ているアマンダラとの面会は容易ではなかったが、ついに対面を果たす。しかし、その態度に腹を立てたダバは彼を殴り倒す。だが、その気概を気に入ったアマンダラは、ダバたちに手厚い援助を行うこととなる。
やがてダバは、ポセイダルの施政に不満を抱いて武器を取った反乱軍と出会う。圧倒的な戦力差に苦しむ彼らを前に、ダバは自身がかつてポセイダルによって滅ぼされたヤーマン族カモン王朝の正統な後継者、カモン・マイロードであることを明かす。ダバという旗印、そしてヤーマン族壊滅により失われた技術の粋であるエルガイムの量産化により、反乱軍は勢いを増していく。
一方、ポセイダル正規軍内では、13人衆を中心に激しい権力闘争が巻き起こっていた。13人衆のひとりネイ・モーハンに取り入ったギャブレーもまた、破格の出世を遂げていく。ネイは愛人であり、正規軍内の反ポセイダル派リーダーであるギワザ・ロワウと共謀し、ポセイダルへのクーデターを計画していた。ポセイダル、ギワザ、反乱軍の三つ巴の戦いが激化するなか、ダバが探し求めていたクワサンは、洗脳されポセイダルの忠実なしもべとなって彼の前に立ちはだかる。
ポセイダルを倒すため、そしてクワサンを彼の手から取り戻すため、ダバは新たな力「エルガイムMk-II」で戦いに挑む。
