――歴史が動き出す、その瞬間を目撃せよ。
宇宙世紀0068年、サイド3・ムンゾ自治共和国。
地球連邦からの独立を唱え、「人の革新」を説いた指導者ジオン・ズム・ダイクンは、議会演説中に突如倒れ、そのまま命を落とす。
この死をきっかけに、ムンゾではザビ家が台頭し、陰謀と策略が渦巻く激動の時代が幕を開ける。
ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアの兄妹は、側近ジンバ・ラルに守られ地球へ逃亡し、テアボロ・マスの庇護のもと「エドワウ」と「セイラ」として静かな生活を始める。
だが、ザビ家の追跡の手は容赦なく迫っていた。
数年後、キャスバルは「シャア・アズナブル」としてジオン国防軍士官学校へ入学。
ザビ家の御曹司・ガルマと親交を深めつつも、彼の胸中には冷徹な復讐の炎が燃えていた。
そして、学生たちによる武装蜂起という事件を引き起こし、シャアの計画は着実に進行していく──。
その後、地球に渡ったシャアは、神秘的な少女ララァ・スンと運命的な出会いを果たす。
一方、ジオンによるモビルスーツ開発に対抗すべく、地球連邦もまた新たな兵器「ガンダム」の開発へと動き出す。
宇宙世紀0079年、サイド3は「ジオン公国」として地球連邦に宣戦布告。人類は未曾有の大戦争に突入する。
ジオン軍は「ブリティッシュ作戦（コロニー落とし）」を敢行し、世界人口の半数を死に至らしめる未曾有の惨劇をもたらす。
激化する戦況の中、かつて少年だったキャスバルは、いまや“赤い彗星”と呼ばれる伝説のエース「シャア・アズナブル」となり、「ルウム会戦」で華々しい戦果を挙げる。
その戦いを契機に、地球連邦はV作戦を発動し、少年アムロ・レイが「ガンダム」の存在へと近づいていく。
そして、南極大陸では、ジオンと地球連邦の間で和平交渉が行われる中、また新たな火種が世界へと放たれようとしていた──。
