在宇宙移民成為常態的未來，人類歷史即將迎來動盪的嶄新篇章。
宇宙世紀0068年，慕佐自治共和國的領袖吉翁‧茲姆‧戴昆於演講現場猝逝，引發一連串政局劇變。其遺孤卡斯巴爾與阿爾黛西亞兄妹，在金巴‧拉爾的保護下逃離SIDE 3，於地球上改名為愛德華與雪拉‧瑪斯，展開躲避薩比家追殺的隱姓生活。
然而命運之輪持續轉動。三年後，卡斯巴爾以「夏亞‧阿茲那布爾」之名進入吉翁軍官學校，與薩比家的卡爾馬建立深厚交情，並在背後籌謀著屬於自己的復仇計畫。隨著學員起義爆發，夏亞的人生步上戰爭之路，也拉開了人類全面衝突的序幕。
在戰火逐漸蔓延之際，聯邦與吉翁兩大勢力暗潮洶湧。RX-78 鋼彈計畫悄悄啟動，而吉翁則持續研發新型機動兵器。最終，在宇宙世紀0079年初，「魯姆會戰」一觸即發，吉翁王牌駕駛員夏亞以壓倒性的戰績獲得「紅色彗星」之名，正式站上歷史舞台。
少年阿姆羅・雷的命運也隨之捲入戰火。在SIDE 7，他意外邂逅未來改變戰局的機體──鋼彈。而吉翁與聯邦之間的全面戰爭，也即將席捲整個地球與宇宙。
這是一段關於家族、信念、復仇與宿命交織的壯闊史詩，一場點燃機動戰士傳奇的開端。
