故事設定在宇宙世紀0223年的地球。前地球議會軍的駕駛員馬克·卡蘭（マーク・カラン）正在深海農業研究設施附近，駕駛著編號11的機動戰士（MS）進行作物的收割工作，卻意外救起了一位駕駛MS・布格（MS-05 Bugu）的駕駛員——蒂姆·哈洛威中尉（ティム・ハロウェイ），他突然從空中墜落。與此同時，另一個物體也從空中墜落，因為這個物體可能與議會軍的反叛分子有關，研究設施被議會軍接管。馬克隨後發現了潛入者，但議會軍指揮官傑克·海爾（ジャック・ヘイル）卻突然開火，擊斃了兩名潛入者中的一人。
第二天，馬克參加了一個由議會軍主辦的宴會，在宴會上，受到總督加諾（ガーノー）的委託，馬克離開宴會，前往關押倖存潛入者辛西婭·格雷夫斯（シンシア・グレーブス）的設施，以詢問她的來歷並調查事件真相。辛西婭向馬克展示了一種生物發光體的樣本，這種生物發光體擁有熱源，可能是解決地球圈糧食問題的關鍵。正當此時，傑克再次現身，企圖奪取這個發光體。馬克和辛西婭趁機逃脫，並與辛西婭的同伴及馬克的未婚妻米米（ミミ）會合，隨後他們劫持了一艘太空梭，前往Side 4（紐曼哈頓）。
在逃往Side GAEA的過程中，馬克被介紹給一個他以為已經戰死的老戰友菲利普·聖西蒙（フィリッペ・サン・シモン）。原來菲利普並未死亡，而是隱藏了自己的身份，並成為了神秘組織光明會戰鬥部隊的領袖。他向馬克展示了一台極秘開發的新型機動戰士——G-Savior，並請求馬克協助他們對抗議會軍。然而，由於過去的事件，馬克自願退役並遠離戰鬥，因此對於參與戰鬥感到猶豫。
與此同時，加諾總督派出了一支以最新無人機動戰士（Mobile Weapon）為主力的大規模部隊，進攻Side GAEA。在同伴陷入危機之際，馬克最終駕駛上G-Savior，迎戰由前上司傑克所率領的議會軍部隊。
