ゼロレクイエムから1年後、光和2年。世界は再編成された超合集国を中心にまとまり、平和な日々を謳歌していた。しかし、仮面の男ゼロとして、ナナリーの難民キャンプ慰問に同行したスザクは、シャリオ国王率いるジルクスタン王国が仕掛けた罠に敗れ、二人は連れ去られてしまう。
シュナイゼルから「ハシュベスの戸惑い」と呼ばれるナナリー拉致事件の偵察任務を受けたカレン、ロイド、咲世子は潜入したジルクスタン王国で「敵と味方の認識を入れ替える」ギアス能力を有する暗殺部隊の隊長クジャパットに襲われる。カレンにギアスを使い咲世子との同士討ちを狙うが、元嚮主様と呼ばれるC.C.が介入したことにより撤退。C.C.に協力することにしたカレンとロイドと咲世子は、Cの世界へアクセス出来る遺跡、アラムの門がある嘆きの大監獄へと向かう。
C.C.はルルーシュとの「約束」を信じて、シャーリーとジェレミアに協力を仰ぎ、シャルルからコードを受け継いだ可能性があるルルーシュの遺体を回収して貰っていた。ルルーシュが集合無意識にかけたギアスの影響で『Cの世界』の理が乱れ、不完全に継承していたコードにより身体は蘇ったものの、心をCの世界に置いたままの虚ろな形で蘇生されてしまう。C.C.はルルーシュの精神を再構築しようとCの世界へのアクセスを試みたが、自由に入ることは出来なくなっていた。
ルルーシュの心を取り戻すべく、C.C.は肉体だけの虚ろな彼の世話をしながら『Cの世界』へアクセス出来る遺跡を巡り、世界中を旅した末にジルクスタン王国を訪れる。そこで偶然再会したカレン達の協力を得て、アラムの門へと辿り着く。
『Cの世界』へ入ったC.C.が見たものは、どこにも行けない人々の意識と、障壁となりルルーシュの魂を引き留めるシャルルの「欲望の残滓」だった。 残ったルルーシュの意識も集合無意識に呑み込まれかけるが、かつて自分に寄り添ってくれた人々の魂に助けられ、コードとギアス両方を保持した状態で復活した。
