アクエリオンEVOL

アクエリオンの重要な要素である「恋愛」については本作において一捻りされ、地球側の主要な登場者たちには「恋愛禁止」というルールが制定されている。この制約が課せられた中、彼ら彼女たちが如何にして「恋」を「恋愛」へと昇華させていくかが大きな見所でもある。

この他、本作のお楽しみ要素として放送開始時に「男女（によるマシン同士）の合体禁止」を謳いストーリー上のアクセントを付けたり、1万2千年前（前作）の人物が転生したキャラクターが登場する予定があることなどが総監督である河森自身により明かされている。

また、恋愛に加えて、前作『創聖のアクエリオン』に引き続き、立場や出自の異なる者どうしの相互理解・自らの心の弱さや闇と向き合い克服することによる人格的成長・運命と自由意志の関係といった、河森の人生観や宗教観と深く関わるテーマも、物語の重要な要素として扱われている。