在近未來的地球上，物理學博士真田博士成功開發了一種超級能源「ビムラー」。然而，擁有野心的邪惡秘密組織ドクーガ為了奪取ビムラー，殺害了真田博士。真田博士生前預見了這種危機，設定了他的兒子ケン太的腦波和一台計算機在三年後進行同步，將ビムラー的秘密藏在其中。
真田博士的摯友サバラス決定成立一支名為グッドサンダーチーム的小隊，並召集三名駕駛員北条真吾、レミー島田及キリー・ギャグレー駕駛博士留下的超級機器人ゴーショーグン，與ドクーガ對抗，保護ケン太和ビムラー的秘密。這是一場為了正義和未來的戰鬥！