《天元突破紅蓮螺巖》的舞台架設在架空的未來世界,住在不知天空為何物的村莊“基哈”(ジーハ)的少年“西蒙”(シモン)在開墾村莊時,偶然挖掘到一塊閃耀著神秘光芒的晶體。在那之後,巨大的機器人從天井中衝入,對村莊進行大肆地破壞,西蒙與大哥卡米那(カミナ)以及從地面來的少女庸子(ヨーコ)一起,與巨大的機器人展開了殊死的戰鬥……