C.E.70年，由於「血腥情人節」的慘劇，地球方面與P.L.A.N.T.之間的紛爭一口氣升級為正式的武裝衝突。戰爭持續了十一個月後，主人翁煌·大和（Kira Yamato）所在的中立國‧歐普所屬資源衛星殖民地「海利歐波里斯」（Heliopolis）突遭兒時好友阿斯蘭·薩拉（Athrun Zala）所屬的Z.A.F.T.襲擊，他們的重逢成為故事的開端。
P.L.A.N.T.在「血腥情人節」後發動的獨立戰爭，其戰略為先將「中子干擾器」大量散布至地底下，使地球上無法使用核能，引發世界性的能源危機；再以新型兵器逐步攻下在赤道附近的質量投射器，以期將地球聯合軍封鎖在地球圈內，再也無法威脅P.L.A.N.T.。由於貌似神話中自食其尾的大蛇，故命名為「Operation Ouroboros」作戰。大戰爆發初期，誰也未曾懷疑過聯合軍將以壓倒性的兵力和資源迅速結束戰爭，然而戰爭膠著了近一年，戰況卻是對聯合軍愈發不利；其主要原因之一就是聯合軍對Z.A.F.T.的新型兵器‧機動戰士（MS）一籌莫展。
為了挽救戰局，地球聯合中最強大的成員國‧大西洋聯邦早已開發代號「G兵器」的MS，並秘密地委託歐普的軍需企業曙光社在「海利歐波里斯」協助建造，Z.A.F.T.的克魯澤隊掌握了此一情報，派遣特殊部隊襲擊「海利歐波里斯」，更強奪了正進行出廠作業的「G兵器」五機中之四機；意外被捲入戰鬥的工業大學高材生煌·大和竟遇見了已成為Z.A.F.T.精英兵的兒時好友阿斯蘭·薩拉。在一片混亂的街道上，為了保護朋友們，煌乘上了碩果僅存的GAT-X105 Strike；注視著電腦螢幕上顯示「G兵器」系統一長串的全寫名稱，煌不自覺地脫口而出：「GUN…DAM…！」。