本作是超級機器人大戰系列中，第6款登陸在Game Boy Advance的作品，亦是此平台上的最終作。全52話（包含分支合計68關）。另外，標題的「J」是指「Judgment」（「審判」之意）。
本作的特徵，是系列首次沒有包括任何蓋特機器人系列及宇宙世紀鋼彈系列，TV版無敵鐵金剛系列（包括金剛大魔神、金剛戰神）也沒有參戰。[1]在超級機器人大戰K推出以前被視為最多參戰作異例的作品。
取而代之《機動戰艦》《機動戰士鋼彈 SEED》將會領導著故事的核心。不同以往，本作自軍戰艦的艦長全部都是女性[2]。 另外，比起前作《超級機器人大戰D》有著更另一層次的戰鬥動畫演出，可說是發揮GBA性能極限的戰鬥動畫。另外，在GBA的後繼機，次世代攜帶型遊戲機Nintendo DS發售的《超級機器人大戰W》內，因本作不少參戰作品在該作上繼續參戰，因此不少戰鬥動畫被沿用至該作。
原創機體
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ベルゼルート
別西路- 高度: 21 m
- 重量: 30 t
- アシュアリー・クロイツェル社がフューリーの技術を利用して開発した人型機動兵器。
地球・フューリー双方の技術の融合した機体とも言え、情報交感型MMI「サイトロン・コントロール」とメインジェネレーターである「オルゴン・エクストラクター」にその特徴が色濃く反映されており、運用にはサイトロン・コントロールに適応する者が搭乗する必要がある。
空中戦、特に遠距離からの砲狙撃戦闘に特化した設計思想の下開発されており、専用の大型射撃兵装「オルゴンライフル」を携行する。
高い機動力を持つ反面装甲は薄い。脚部も推進機関（OGシリーズではテスラ・ドライブ）とミサイルランチャー、ランディング・ギアを組み合わせた複合ユニットとしての意味合いが強く、特に脛の部分は板のように薄く、歩行能力は無いに等しい。
また、射撃戦闘に特化している事もあって格闘戦用の装備が尽くオミットされており（オルゴンライフルからビームブレードを発生させる事は可能）、敵に接近された際の迎撃手段に乏しい機体となっている。OGシリーズではユニバーサルコネクターが搭載されている設定が追加、アーマードモジュールやパーソナルトルーパー用の武装を携行が可能となっている。
フューリーとの激戦を戦い抜くが、戦いの最中で機体は大破。その後、Jではベルゼルートに強化アーマーを装着する形でベルゼルート・ブリガンディへと改修される（なお、OGMDでは強化アーマーを装着済みのベルゼルートの2号機にカルヴィナ機のパーツを組み込む形でブリガンディと交代している）。
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ベルゼルート・ブリガンディ
別西路·重甲型- 高度: 25 m
- 重量: 41 t
- ベルゼルートの後継機種。
Jでは大破したベルゼルートを改修し、その上で強化外骨格を兼ねた武装モジュール「バスター・アーマー」を装備した機体として登場している。OGシリーズでは大破した1号機の主要パーツを別部署で開発されていた2号機に移植して建造された事になった。
ベルゼルート本体はバスター・アーマーの中央に収まるような形で接続されており、アーマー自体は状況に応じてパージ可能。
アーマーの装着によってベルゼルートの欠点であった耐久力を補い、更に火力・機動力も強化されている。
バスター・アーマーは多様性に反して取り回しに難のあったオルゴンライフルの機能を分割・強化した上で搭載しており、必要に応じて砲撃形態「オルゴンバスターキャノン」へ変形可能。その運用形態はヒュッケバインMk-ⅢのAMガンナー、AMボクサーを想起させる（双方の間に技術的な接点があるかは不明）。
一方で、バスター・アーマーを装着した事によってベルゼルート本体のマニピュレータが収納されてしまっている為、汎用武装の携行が出来なくなるという欠点を持つ。
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グランティード
格蘭帝特- 高度: 30 m
- 重量: 45 t
- アシュアリー・クロイツェル社のフランク・ツェッペリンが開発していたグランティードの強化ボディ。
本来は「神竜バシレウス」とグランティードが合体する事で完成するスーパーロボットという設定があったのだが、同作では他の主役機体（ベルゼルート・クストウェルおよび隠し機体ヴォルレント）と後継機入手イベントを統一させるため、物語中で詳しく言及はされていない。
バシレウスはフューリーの創世神話に登場する神竜の姿を模しており、伝承に則り五つの竜の首を持つ（フューリーが有する皇帝機ズィー=ガディンも同じく四肢を頭に見立てた多頭竜のような形態へ変形する）。グランティード・ドラコデウスに合体した状態であっても胸部を含めた五つの首を武装として使用する事ができ、また合体によって出力が強化されている事もあって高い火力を誇る。
なおバシレウスにはパイロットは搭乗せず、分離時には自律行動が可能。必殺技使用時の戦闘アニメにてその分離する様を見ることができる（ただ前述の通り、物語中で一切その設定が語られていないため、通常プレイヤーがそれを知る事は困難。設定が記載された資料で初めて知る事になるだろう）。
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グランティード・ドラコデウス
格蘭帝特·龍神型- 高度: 30 m
- 重量: 45 t
- アシュアリー・クロイツェル社のフランク・ツェッペリンが開発していたグランティードの強化ボディ。
本来は「神竜バシレウス」とグランティードが合体する事で完成するスーパーロボットという設定があったのだが、同作では他の主役機体（ベルゼルート・クストウェルおよび隠し機体ヴォルレント）と後継機入手イベントを統一させるため、物語中で詳しく言及はされていない。
バシレウスはフューリーの創世神話に登場する神竜の姿を模しており、伝承に則り五つの竜の首を持つ（フューリーが有する皇帝機ズィー=ガディンも同じく四肢を頭に見立てた多頭竜のような形態へ変形する）。グランティード・ドラコデウスに合体した状態であっても胸部を含めた五つの首を武装として使用する事ができ、また合体によって出力が強化されている事もあって高い火力を誇る。
なおバシレウスにはパイロットは搭乗せず、分離時には自律行動が可能。必殺技使用時の戦闘アニメにてその分離する様を見ることができる（ただ前述の通り、物語中で一切その設定が語られていないため、通常プレイヤーがそれを知る事は困難。設定が記載された資料で初めて知る事になるだろう）。
なおこの設定は、後述の『OGMD』で改めて大きく取り上げられた。
尚、全長と重量が、強化前のグランティードと完全に同じ数値という謎理論でもない限り有り得ない大ポカがされてしまっている。
『OGMD』ではその反省を生かしてちゃんと数値が設定されている。
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クストウェル
克斯特威爾- 高度: 22.4 m
- 重量: 20 t
- 『SRWJ』で主人公が最初に選択できる三機の主人公機の一つ。
紫色のフレームに大きく張り出した耳のような頭部が特徴の、格闘戦特化のグレー系(スーパー形とリアル系の中間タイプ)。
徒手空拳で敵機に立ち向かうタイプの機体で、シリーズ内で言えばソウルゲインやヤルダバオトとコンセプトが似ている。
大気中に存在するオルゴンと呼ばれる物質を原動力とし、それを結晶化させて武器化する能力も持つ。左右の肩に『シールドクロー』と呼ばれる補助ユニットが存在し、これを射出・合体させることで、大型のクローユニットを形成して必殺の一撃を繰り出す。クローにオルゴンの結晶体を固着させて、より巨大なクローを形成することもできる。
一人での操縦も可能だが、設計上はメインパイロットによるサイトロン制御＆火器管制と、サブパイロットによる操縦管制による二人乗りを理想としている。
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クストウェル・ブラキウム
克斯特威爾·巨腕型- 高度: 22.4 m
- 重量: 20 t
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ヴォルレント
沃蘭特- 高度: 不明
- 重量: 不明
- 需要用別西路、格蘭帝特、克斯特威爾各完成一周目遊戲才可以選用的隱藏主角機
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ラフトクランズ
拉福特克蘭斯- 高度: 34.3 m
- 重量: 84.8 t
- 異星人勢力「フューリー」が保有する人型機動兵器。フューリーの軍事部門である「フューリア聖騎士団」によって運用される事から「騎士機」の別名でも呼ばれ、その称号と合わせて「騎士機ラフトクランズ」とも称される事もある。
機体名称のラフトクランズとは、「Raft＝いかだ」と「clans＝氏族」を組み合わせた造語。地球側からは「ソーン（いばら）」のコードネームで呼ばれている。
フューリーが母星から脱出する切っ掛けになった大戦の時代（Jでは46億年前、OGシリーズでは数千年前）から運用されている地球の兵器からすれば世代的には型遅れともいえる機体であるが、その性能は地球側の最新兵器をも凌駕する。
ある程度生産されてはいるが新造されておらず、フューリーに於いては部隊を預かる指揮官クラスの騎士に与えられる。それ以外の例外として幹部であり騎士以外の所属のトップである「士長」も搭乗が認められている。
また、ガウ＝ラ・フューリアの各装置を起動・停止させる為の鍵としての機能も持ち、それぞれの機体が碇や帆先など船の各部位に対応したシステムを制御する。
最大の特徴として、天上物質「エイテルム」を核とした時間兵器「ラースエイレム」を搭載している事が挙げられ、これによって一定時間、機体周辺の時間を停滞・停止させるステイシス・フィールドを発生させる事が可能。
しかし、ラースエイレムを使用する為にはエネルギーチャージが必要であり、またエイテルムもラースエイレムを使用する毎に劣化していく欠点を持つ。
また、戦闘で使用すれば絶大な戦果を約束されるが、騎士達はこの装備を「相手を一方的に嬲る卑劣な武器」であると位置づけており、皇族の許可無しに使用する事を禁じている（Jに於いてはこれらデメリットは設定されておらず、ラースエイレムの使用デメリットもほぼ皆無だった）。
