- Work新機動戦記ガンダムW Endless Waltz
- Pilotヒイロ・ユイ
『新機動戦記ガンダムW Endless Waltz 敗者たちの栄光(敗栄)』および『新機動戦記ガンダムW Frozen Teardrop(FT)』に登場するプロトゼロは、EW版ウイングガンダムゼロの改修前の姿として設定されています。テレビ版のデザインを基にしているため、ネオバード形態への変形機構やシールドなどの武装が備わっていますが、カトキハジメの手によってウイング内部にネオバード形態用の副翼が追加されるなど、アレンジが施されています。このプロトゼロも広義には「EW版」に含まれますが、便宜上、改修後の姿のみを「EW版」として区別しています。
『FT』では、このプロトゼロは先行開発された試作零号機の設計を基に製造された2機のうちの1つとされています。試作1号機はA.C.186年頃に6人の科学者の1人であるドクターJが製造し、ヒイロの実父であるアディン・ロウが搭乗しました。当時の技術では狙撃シークエンスやツインバスターライフルはまだ未完成であり、ゼロシステムも実用段階には達していませんでした。2号機は、カトルがウィナー家に秘匿されていた零号機のデータを基に製造し、未完成だった武装やシステムを実用レベルに引き上げて搭載したものです。カトキがデザインしたプロトゼロは、この2号機にあたります。
『敗栄』では、プロトゼロはH教授の設計図を基に製造され、トラントがゼロシステムに取り込まれて暴走する経緯もテレビ版と同じですが、デスサイズヘルとの戦いでは、ヒルデ・シュバイカーが搭乗する宇宙用リーオーが加勢する場面に変更されています。最終的に、トラントが機体を自爆させたことを契機に、上記のようにプロトゼロは改修され、EW版ウイングガンダムゼロへと生まれ変わります。