スーパーエヴァンゲリオン

S2機関対応型初号機の通称で、葛城ミサトによって命名された「スーパーエヴァンゲリオン」（S・エヴァ）は、進化したエヴァンゲリオンの一形態です。その名称が発表された際、NERV Japanの全職員が脱力したという逸話があります。略称は「S・エヴァ」です。0・0EVA（カトル機）との戦いで大破した初号機F型が、自らの意思で身体構造と拘束具を作り変えて進化し、ステージ∞EVAとなりました。

S・エヴァは、S2機関からのエネルギー変換・伝達効率を改善する量子ジャンプ素子を装備し、圧倒的な出力を得ています。また、各部兵装ステーションには、ステージ2以降のEVAに導入されたレールシステムが採用され、戦自の兵器との共通化が図られています。さらに、飛行用のヴォルテックス装備が加わり、S・エヴァの全領域への展開が可能となりました。

進化の過程で、シンジの肉体と魂を取り込んだことで、S・エヴァはシンジの第2の肉体とも呼べる存在となりました。これに伴い、コアの中に溶け込んでいた碇ユイの魂は初号機から去り、現在はシンジがパイロットと制御役を兼任しています。そのため、初期には「シンジが動くとS・エヴァが動く」という現象が起き、施設を壊してしまうアクシデントもありました。

地球に現れたアルマロスとの戦いで、地球を貫通してきたロンギヌスの槍によって心臓を奪われ、シンジもろとも死に瀕します。しかし、洗脳状態を解除したヒカリがウルトビーズにあるQRシグナムをS・エヴァに打ち込んだことで、心臓の代用として命を繋ぎとめることに成功しました。ただし、これにより出力の不安定さや、敵の力を流用していることによる不安感が残っています。

なお、スーパーエヴァンゲリオンは現時点でこの機体しか存在しておらず、ステージ2EVAまでのような「初号機」といったナンバリングは行われていません。