超級福音戰士

S2機關對應型初號機的通稱（由葛城美里命名，當場的NERV日本全體職員因此感到脫力）。該機體被簡稱為「S・EVA」。初號機F型在與0・0EVA（卡特爾機）的戰鬥中嚴重損毀後，憑藉自身的意志改變了身體結構和拘束具，進化為「Stage ∞EVA」。該機體配備了量子跳躍元件，這提升了S2機關的能量轉換與傳遞效率，從而獲得壓倒性的輸出功率。各部兵裝站使用了從Stage 2之後EVA導入的軌道系統，實現了與戰略自衛隊兵器的共通化。隨後增加了飛行用的漩渦裝備，使S・EVA能夠在全領域展開。

在進化的過程中，初號機吸收了真嗣的肉體和靈魂，成為了他的第二肉體。原本融合在核心中的碇唯的靈魂已經離開，目前由真嗣兼任駕駛員與控制者。因此，最初出現了「真嗣動作S・EVA就動作」的現象，導致設施破壞等意外事件。

在與地球上出現的阿爾瑪羅斯（Almaros）的戰鬥中，S・EVA的心臟被穿透地球的朗基努斯之槍奪走，真嗣與S・EVA一同瀕臨死亡。然而，在洗腦狀態解除後，光憑藉機智迅速將來自「Ultrabees」（ウルトビーズ）的QRSignum打入S・EVA，用其作為心臟的替代物，從而成功保住性命。然而，由於這並非原本的心臟，導致輸出功率不穩定，以及敵人力量被利用所帶來的不安感依然存在。

目前，超級EVA僅此一台，因此並未像Stage 2EVA之前的機體一樣進行編號。