新星インダストリー社MF（マクロス・フロンティア）工廠とL.A.I社がYF-24 エボリューションを原型に共同開発した「超可変戦闘機」とも呼ばれる試作機。同じくYF-24から派生したVF-25 メサイアやVF-27 ルシファーの姉妹機でもある。
設計段階から対バジュラ戦を想定した初の機体であり、多数の火器に加えて超高純度の「フォールドクォーツ」を用いた「フォールドウェーブシステム」を採用したことで、他の系列機を凌駕する高性能を発揮する。肝心のクォーツが標的であるバジュラ自身の体内でしか精製できない稀少物質ゆえに開発は大きく難航していた。のちにマクロス・フロンティア船団がバジュラとの戦闘で大量のクォーツを入手したことでようやく完成に至る。
主翼形状は大気圏内での運動性向上に有利な前進翼を採用。これは、VFシリーズとしてはVF-9 カットラス、VF-19 エクスカリバーに続いて3例目となる。左右の脚部と外翼に各1基ずつ、計4基のステージII熱核反応タービンエンジンが搭載されており、ノーマル状態でもスーパーパック装備のVF-27と同等の機動性を発揮する。主翼と外部エンジンポッドには翼面と推力の偏向機能が備えられており、トルネードパックのようにノズル角度を適宜に変えることで、通常の機体では行えないような複雑な機動を実現している。また、機体側とエンジンポッド間の内翼部分を縮めることで、大気圏内用の高速モードとなる。
YF-24シリーズの特徴であるコックピットの「EX-ギアシステム」やフォールドクォーツを用いた慣性蓄積コンバーター「ISC」などの諸機能も完備されているが、使用されているクォーツの総量に比例してISCの対G限界が大幅に高められている。そのため、サイボーグ兵専用であるVF-27を上回る機動性にもかかわらず生身の人間が操縦できる。
VF-25のトルネードパックは、もともとはオプション装備でYF-29の性能に近づけるために製作されたもので、YF-29用の装備を開発するためのテストに用いられていた。またVF-27はL.A.I経由でリークされたYF-29の情報をもとに開発されたために、4発エンジン装備など機体構成はYF-29に近いものとなっているほか、『マクロスF』の約1年前を舞台とする小説『マクロス・ザ・ライド』においても、YF-28もしくはYF-29と推測されるデータを入手しているとギャラクシー船団側の人間から言及がある。
YF-29の持つ能力でとくに重要なのはバジュラとのコミュニケーション能力である。YF-29は大出力のフォールドウェーブプロジェクターを搭載しており、シェリル・ノームとランカ・リーの歌をバジュラに届ける役割を果たし、戦争終結に貢献する。
