21世紀末地球因戰爭之素導致無法居住，人類為了求生存而邁向太陽系以外拓展，並衍伸到達至光榮之星（グロリエ）開發建設新家園。在居民努力而成的一片安祥繁榮發展下，公元2120年,突然傳至開發基地與各人造衛星的噩聞，更有支來路不明的神祕艦隊在高空出現，一股詭異的氣氛開始壟罩著南十字星（サザンクロス）軍。而隸屬於戰略機甲部隊第15分隊的珍妮，漸漸地在激烈戰鬥中發堀這未知的謎底，也揭開了所住之處另段不為人曉的歷史……。
21 世紀末，由於戰爭等因素導致自然環境遭到污染、已不再適合居住的人類，捨棄了地球，經由火星基地（マルス・ベース）、木星基地（ジュピター・ベース），前往新的天地。目的地是已確立開發前景的鄰近比鄰星（プロキシマ・ケンタウリ）恆星系行星──自由（リベルテ）。在開發告一段落後，人類為了擴大作為物種的生存可能性，開始以下一顆殖民行星為目標。
作為繼開拓母星利倍之星（リベルテ）之後，正逐步被開發為新殖民地的，是位於波江座 ε 恆星系（エリダヌス座イプシロン恒星系）的行星──光榮之星（グロリエ）。該行星一旦離開人們居住的都市區域，便是荒野與沙漠延展的嚴酷環境，但資源、糧食等必需物資的自給，也終於開始變得可行。
西元 2120 年的某一天，突如其來地，在行星的衛星軌道與上空的成層圈中，出現了由異星人左爾人（ゾル）所率領的大規模宇宙船團，並要求交出整顆行星。
面對這個無論如何都無法接受的要求，負責行星光榮之星警備與防衛的開拓行星軍──南十字軍（サザンクロス軍，Army of the Southern Cross，ASC），在無法獲得作為開拓母星的殖民行星利倍之星（リベルテ）支援的情況下，只能獨力迎戰這個身分與來歷完全不明的敵人──左爾人。
面臨存亡危機的南十字軍之中，有著一群年輕的軍人： 個性奔放、憑藉天生行動力勇於面對一切的戰略機甲師團分隊長──珍妮・法蘭西斯（ジャンヌ・フランセーズ）少尉； 性格豪爽、帶有大姊頭氣質的宇宙機甲隊中隊長──瑪莉・安潔兒（マリー・アンジェル）少尉； 以及嚴守紀律、忠於職務，隸屬於參謀本部直轄憲兵隊（参謀本部直属・憲兵隊）的──拉娜・伊薩維亞（ラーナ・イザヴィア）少尉； 還有珍妮麾下的部下們等，許多懷抱理想的年輕人。
在她們面前逐漸揭露的謎團包括： 操縱擁有生物材料工學（結構與驅動系統的人型機動兵器──機器蛙（バイオロイド）的左爾人駕駛員──賽弗利特（サイフリート）究竟是何許人也； 外貌完全相同、總是以三人一組行動，被稱為「三位一體（トリニティ）」的左爾人，其背後隱藏的秘密； 生命之花與左爾人之間的關係； 珍妮的部下──鮑伊・艾默森（ボウイ・エマーソン）上等兵所邂逅的異星人平民音樂演奏者──穆吉卡（ムジカ／ムジエ／ムゼル）的真實身分； 以及人類所開拓的行星光榮之星，其實正是左爾人的故鄉，這一說法是否為真等種種謎題，將一一浮上檯面。
