西暦2062年、地球は軌道エレベータの所有権を巡り、2つの陣営に分かれて争っていた。桂木桂（かつらぎ けい）の所属する自由宇宙軍（フリーダム・スペース・コープス）は、最新のD兵器・時空震動弾を用いて軌道エレベータのエネルギープラント破壊作戦を敢行する。しかし、相手陣営の激しい抵抗により撤退を余儀なくされる。
憤慨した桂は、未調整のため起爆を中止し破壊命令が下った時空震動弾を独断で作動させてしまう。その結果、暴走した時空震動弾により時空は混乱し、世界は相剋界（そうこくかい）に包まれ、あらゆる多元世界が混じったパッチワークのような世界、「混乱時空」と化した。そして桂自身も時空転移に巻き込まれ、時空震動弾破裂の20年後、混乱時空世紀20年（西暦2082年）の世界に飛ばされてしまう。
桂はエマーン人の隊商に拾われ、行動を共にするが、混乱時空修復の鍵となる「特異点」とみなされ、各勢力の争奪戦にさらされる。さらに、もう一人の特異点であるオルソンは、チラムのエースパイロットとして桂の前に立ちはだかる。
過去と現在が複雑に絡み合う中、時空再生に向かって桂木桂はオーガスを駆る。
