西暦2050年、宇宙開発を進めていた地球の人類は、突如として250年後の未来（西暦2300年）から現れた謎の敵・エルダー軍の奇襲を受ける。
西暦2300年のエルダー星は、地球人類の侵略を受け、トリニティエネルギーを利用した地球の兵器の前に圧倒的不利な状況にあった。彼らの目的はただ一つ——水爆の数十倍の力を秘めた新エネルギー「トリニティエネルギー」を強奪し、歴史を改変することだった。
エルダー軍は、地球人が入植していた木星の衛星イオを占領し、さらにトリニティシティを攻撃。これに対抗すべく、闘志也たちはゴッドシグマを駆り、地球とトリニティエネルギーを守るために戦う。そして、イオを奪還するべく、長きにわたる戦いが繰り広げられていく。
