西元2050年,正積極推進宇宙開發的地球人類,突然遭遇從250年後的未來現身的神秘敵人──艾爾達軍(エルダー軍)的突襲。西元2300年的艾爾達星,正面臨地球人類的侵略,並在地球所使用的「三位一體能源(トリニティエネルギー)」武器面前陷入壓倒性的劣勢。
艾爾達星人的目的只有一個:奪取那股蘊藏著相當於數十枚氫彈威力的新型能源——三位一體能源,進而改變歷史。
艾爾達星人占領了地球人原本已經殖民的木星衛星──木衛一(Io),並為了奪取地球的三位一體能源,駕駛「宇宙恐龍(コスモザウルス)」展開對三位一體都市(トリニティシティ)的攻擊。
面對這樣的威脅,鬥志也一行人駕駛著「巨神西格瑪」挺身而出,展開一場為保衛地球與三位一體能源、並奪回木衛一的漫長戰鬥。