西元2050年，正積極推進宇宙開發的地球人類，突然遭遇從250年後的未來現身的神秘敵人──艾爾達軍（エルダー軍）的突襲。西元2300年的艾爾達星，正面臨地球人類的侵略，並在地球所使用的「三位一體能源（トリニティエネルギー）」武器面前陷入壓倒性的劣勢。
艾爾達星人的目的只有一個：奪取那股蘊藏著相當於數十枚氫彈威力的新型能源——三位一體能源，進而改變歷史。
艾爾達星人占領了地球人原本已經殖民的木星衛星──木衛一（Io），並為了奪取地球的三位一體能源，駕駛「宇宙恐龍（コスモザウルス）」展開對三位一體都市（トリニティシティ）的攻擊。
面對這樣的威脅，鬥志也一行人駕駛著「巨神西格瑪」挺身而出，展開一場為保衛地球與三位一體能源、並奪回木衛一的漫長戰鬥。
