武芸大会編
ミヤモト村から旅に出たムサシは、オカヤマーナの都で剣聖ボクデンと出会い、弟子入りをする。数ヶ月にわたる修行を経て免許皆伝となる。強敵を求め旅する道中、エドトピアで開かれるジパング武芸大会を知り、旅の目的地をエドトピアに定める。その中で数々のライバルとの勝負や出会いと別れを経験し、さらにはハンゾウの野望を知ってしまう。エドトピアに到着するが、悪党一味に利用され押し込み強盗の片棒を担がされ逮捕される。潔白を証明するも、武芸大会の受付に間に合わなくなる。何とか会場に潜り込もうとするが、またも指名手配になる。襲われていたセンヒメを助け、彼女の手助けとジュウベエらの推挙で、ジュウベエとの特別試合を認められるが敗北を喫する。しかし、その試合で二天一流のヒントを掴む。特別試合終了後、ハンゾウらに捕縛され、薬で朦朧とした状態で死刑同意書に署名捺印をさせられ、刑が執行されそうになるが、ライバルたちとセンヒメの提言を承諾した将軍イエヤスの上意により助けられる。
諸国漫遊編
武芸大会が終わって迎えた正月。武芸大会の一件でセンヒメに気に入られたムサシは、彼女のお婿さん探しの旅の護衛役としてコジローと共に選ばれ、三人で旅をする。コジローの意見が採用され、北へ向かう。道中、ハンゾウ配下のイガ四天王に襲われる。しかし、ヤマタノオロチと土蜘蛛が守っていた天空丸と天地丸という伝説の刀を手に入れ二天一流を開眼したムサシは、めきめきと実力を上げ、コジローと共にセンヒメを守る。ホッカイドーのからくり砦にてハンゾウを倒す。
シラヌイ一族編
イエヤスの命によりエドトピアに戻ったセンヒメ一行。待ち受けていたのは下品で不細工なセンヒメのお見合い相手。ハンゾウが生きており、シラヌイ一族と手を結び幕府を転覆する野望を進めていた。それを阻止すべく、キュウシューへ旅に出るセンヒメ一行。シナガワ宿からサツマニアに渡る。コジローのモノホシザオがクマソンに折られるが、キュウシュー西部のアマクサ島に伝わる伝説の刀・鳳凰丸を手に入れる。一方ムサシは度々優しく接してくれたヒミコに対し、顔も知らぬ母親の姿を重ね、想いを募らせる。しかし、ヒミコがシラヌイ一族の女王と知り、情と真実の間で葛藤を抱える。桜島の本拠地で決戦を行うが、ハンゾウとヒミコは仲を違え、ヒミコは殺される。さらにハンゾウの用意したサツマニア爆破用ミサイルが発射されるが、ムサシの活躍で桜島に逆戻りし、本拠地を爆破。ハンゾウの野望はついえるが、ムサシの心にはヒミコとの死別という悲しみが残った。
六道魔王編
ハンゾウの野望を阻止したムサシらのもとに第二回武芸大会の知らせが届き、エドトピアに引き返すセンヒメ一行。しかし、セト内海ではハンゾウを拾った六道魔王一味のメガトンジョーが活動を開始。ジパング国国王の証である三種の神器を奪うためミヤコパレスを襲い、鏡と勾玉を奪う。国王らは聖剣を守りエドトピアに助けを求め逃げ出す。ムサシは無事、参加登録を済ませ準決勝でコジローとまみえる。しかし、国王の到着とメガトンジョーの攻撃に大会は中止。メガトンジョーを撤退させるが、国王を安全な場所へ逃がすためニッコウへ向かう。ニッコウで安穏としているセンヒメではなく、ムサシとコジローを無理やり引き連れ、リョウマの協力を得て、さらにオツルとジライヤンも合流し、舟でメガトンジョーを追う。オノゴロ島で伝説の鎧を手に入れ、ゲンナイと仲間の武芸者の助力で六道魔王の本拠地・バベル13を攻め落とす。六道魔王はメガトンジョーで逃げ出しエドトピアに攻め込む。国王の空飛ぶ船・超空殿を借りたムサシらは、メガトンジョーへ突入。六道魔王とハンゾウの野望を打ち砕く。平和になり決着を付けるべく巌流島で決闘をするムサシとコジローだが、決着は付かず、センヒメのウソで決闘はお流れに。二人はまた目的を見つけ腕を上げる誓いを立てるのであった。
