第一次ネオ・ジオン抗争終結から1年経過した宇宙世紀0090年。地球連邦の傲慢に対するスペースノイドの反感は危険水準まで高まっており、各地でテロリズムへとエスカレートしていた。地球連邦の主導で本格的なコロニー再建計画がコロニー公社を中心に進められていたが、空きコロニーはテロリストの巣となっている場合が多く、連邦軍の護衛付きの危険な仕事となっていた。
コロニー公社の下請けであるモノトーン・マウス社に勤めるダリー・ニエル・ガンズは、ジャンクMSから作り上げた作業用の「Dガンダム」に乗り、「ガンダム･ダリー」の異名を取るほどのガンダム好きである。地球連邦軍のサラミス改級巡洋艦「アラハス」の護衛の下で再建作業をおこなうMM社は、テロリスト集団「カラード」の襲撃を受けるが、Dガンダムでこれを撃退する。その腕を買われ、アラハスに所属することになるダリーだが、なぜか「ガンダム」を付け狙うカラードの女性パイロット、アルヴェニシカ･キーストや新生ネオ・ジオン軍の暗躍により、事態は意外な方向へと向かっていく…。
