太陽の戦神機
『雷龍剣』と『嵐虎剣』の戦いから4年後、1000年に一度発生するという太陽が異常に膨張する現象「コロナ・ノバ」により、地上は灼熱地獄と化していた。
スペリオルドラゴンSRは単身太陽へ向かい、自らの命をかけてこれを浄化。その残された力である黄金魂〈ゴールドスピリット〉は金色のオーロラとして世界に降り注ぎ、十人の"選ばれし者"に託される。
ラクロア王国で人々を守るためモンスターと戦っていた騎士ドモンとシャインガンダムは、この黄金魂とその証「ホーリーメテオ」を受け取る"選ばれし者"の一員となる。
数ヵ月後、スペリオルドラゴンの消滅に伴い出現した魔龍機デビルドラグーン率いるデスペリオル族が選ばれし者の抹殺を図り、ラクロア王国を襲撃。シャインとドモンは格闘家のドラゴンとサイサイと共に、黄金魂の力で戦神機キングオブハートと竜神機クラブオンエースへユナイトし、立ち向かう。
選ばれし者たち
シャイン一行は、残る"選ばれし者"を探す旅を続け、デスペリオル族に襲撃されていたミリティア王国で新たな"選ばれし者"である闘士マックスと剣士ローズと出会う。しかし、シャインとドモンの連携が取れず、戦神機の力を発揮できない。
戦いの最中、法術士シュピーゲルによって修行の場へ導かれた二人は、真のユナイトを果たすため、自らの影と戦う試練を受ける。
一方、残る選ばれし者たちは魔龍機の居城ゼクト城へ向かうが、選ばれし者最後の一人である重戦士ボルトがデスペリオル族に操られ、彼らの前に立ちはだかる。
シャッフルの勇者
修行を経て真のユナイトを遂げたシャインとドモン、さらに正気を取り戻したボルトを加え、全員そろった選ばれし者たち。彼らは魔龍機を倒すが、デスペリオル族の真の支配者・暗黒卿マスターガンダムの陰謀を知り、ラクロアへ急行する。
しかし、マスターガンダムは機兵の谷で暴竜カイザーワイバーンを復活させ、三魔卿と共に選ばれし者たちを圧倒。そこへ彼らの窮地を救うべく、シャッフル騎士団が現れる。
閃光の黄金神
暴竜カイザーワイバーンと一体化したシャインによってマスターガンダムは退けられるが、暗黒神デビルスペリオルが覚醒。スダ・ドアカ・ワールドの生命エネルギーを吸収し始める。
これを阻止するため、選ばれし者たちは太陽騎士ゴッドガンダムへとユナイトし、最終決戦に挑む。
