宇宙世紀0090年，距離第一次新吉翁抗爭（ネオ・ジオン抗争）結束已過去一年。
由於地球聯邦的傲慢統治，宇宙殖民地居民（スペースノイド）對其的不滿已上升到危險的水準，各地的反抗活動逐步升級為恐怖主義行為。
雖然地球聯邦在主導以殖民地公社（コロニー公社）為中心的全面殖民地重建計劃，但許多廢棄殖民地卻成為了恐怖分子的藏身之地。這使得重建計劃變成了一項伴隨高風險的工作，並需要聯邦軍提供護衛。
達力·艾爾·鋼滋（ダリー・ニエル・ガンズ）是一名為殖民地公社的下包公司莫諾頓社（モノトーン・マウス，簡稱MM）工作的技術員。
他駕駛著使用廢棄機動戰士（MS）改裝而成的作業用機體「D鋼彈（Dガンダム）」，由於其對鋼彈的極度熱愛，甚至被人稱為「鋼彈達力（ガンダム･ダリー）」。
在一次由聯邦軍薩拉米斯改級巡洋艦「阿拉哈斯（アラハス）」護衛下的殖民地重建任務中，MM公司遭到了恐怖組織「彩虹（カラード）」的襲擊。然而，達利駕駛D鋼彈成功擊退了這些恐怖分子，其技術與實力獲得了聯邦軍的肯定，並因此加入了阿拉哈斯的護衛隊伍。
然而，事件並未就此結束。彩虹組織中一名專門追擊鋼彈的女駕駛員亞爾薇妮希卡·基斯多（アルヴェニシカ･キースト）的接連襲擊，聯邦軍與她背後勢力的糾葛，以及新生新吉翁軍（新生ネオ・ジオン軍）的暗中行動，使得局勢朝著意想不到的方向發展……
