考古学者の司馬遷次郎は、発掘した銅鐸から古代日本を支配した邪悪な国家「邪魔大王国」と「女王ヒミカ」の復活を察知していた。しかし、ある日突然、銅鐸を奪還しようとするヒミカの配下に襲撃され、命を落とす。
だが、優秀な科学者でもあった遷次郎は、予めコンピュータ・マシンファーザーに自身の意識と記憶を残し、邪魔大王国に対抗するための基地ビルド・ベースと巨大ロボット・鋼鉄ジーグを建造し、来るべき日に備えていた。
一方、カーレースで大事故を起こしながら無傷であった息子の宙は、自身がすでにサイボーグへと改造されていたこと、そして「鋼鉄ジーグ」として邪魔大王国と戦う宿命にあることをマシンファーザーから告げられる。宙が頭部に変身し、磁石の力で全身のパーツと合体することで完成する「鋼鉄ジーグ」は、日本の支配をもくろむ邪魔大王国と、その巨大兵器・ハニワ幻人に立ち向かう。
