紅の神秘機兵
ネオジオン族との戦いから三年後。バーサル騎士ガンダムGP01は、パトロールの途中で森に倒れていた記憶喪失の騎士を発見する。その数日後、重魔騎士アトミックガンダムが率いるデラーズ国の軍勢がダバード王国を襲撃。その狙いは、謎に包まれた騎士――ネオガンダムだった。
六体の機甲神
ダバード王国は危機に瀕するが、ネオガンダムと彼が操る神秘機兵・エルガイヤーの活躍により、デラーズ軍を撃退することに成功する。ネオの記憶に唯一残っていた「6」という数字に、敵を倒す鍵があると感じたGP01は、ネオと共にその手がかりを求めて旅に出る。
運命の三騎士
残る一体の機甲神を探す旅の途中、ネオは謎の機甲神・カオスガイヤーの襲撃を受ける。操っていたのは、洗脳されたネオの兄・ルナガンダムだった。
その頃、デラーズ軍は再びダバード王国に侵攻。カオスガイヤーも合流し、五体の機甲神と融合して「ガンジェノサイダー」へと進化を遂げる。
光の超機甲神
ネオは、覚醒した運命の三騎士の力を借りてカオスガイヤーを撃破することに成功。しかし、戦いで傷ついた五体の機甲神はそのまま姿を消してしまう。
やがて、赤い月が昇る夜。デラーズ軍はついにダバード王国への総攻撃を開始。ネオと運命の三騎士は、本陣から引き離されながらも、敵の本拠地・天空魔城ゲルニカへと突入していく――。
