紅之神秘機兵（紅の神秘機兵）
在與新吉翁族（ネオジオン族）的戰爭結束三年後，萬能騎士鋼彈GP01（バーサル騎士ガンダムGP01）於巡邏途中，在森林中發現了一名失去記憶的騎士。數日後，由重魔騎士原子鋼彈（重魔騎士アトミックガンダム）率領的德拉茲國（デラーズ国）軍勢襲擊了達巴德王國（ダバード王国）。而原子鋼彈的真正目標，正是那位神祕騎士——新鋼彈（ネオガンダム）。
六體機甲神（六体の機甲神）
陷入危機的達巴德王國，在新鋼彈與**神秘機兵艾爾蓋亞（神秘機兵エルガイヤー）**的活躍下，成功擊退了德拉茲軍。 新鋼彈唯一殘存的記憶「6」，似乎隱藏著擊敗敵人的關鍵。察覺到這點的GP01，決定與新一同踏上尋找「6」線索的旅程。
命運的三騎士（運命の三騎士）
在尋找最後一體機甲神的途中，新遭到神祕機甲神——混沌蓋亞（カオスガイヤー）襲擊。而其駕駛者，竟是被洗腦的新之兄——月神鋼彈（ルナガンダム）。
另一方面，德拉茲軍也開始對達巴德王國發動全面進攻。重創新與艾爾蓋亞的混沌蓋亞與其會合，並與五體機甲神合體，化為鋼傑諾賽德（ガンジェノサイダー）。
光之超機甲神（光の超機甲神）
在戰鬥中，新借助覺醒的命運三騎士（運命の三騎士）之力，成功擊敗了混沌蓋亞。然而，受創的五體機甲神隨後飛往不明之處。
之後，在赤月之夜，德拉茲軍對達巴德王國展開總攻擊。與本陣分散的新與命運三騎士，為了逆轉戰局，突入了天空中的魔城——蓋爾尼卡（天空魔城ゲルニカ）。
