SDVワールドのマゼラン大陸では、防衛軍「ガンダムチーム」が、ザタリオン正規軍の司令官・ブラッディザクただ一機の前に敗北を喫していた。その様子を目の当たりにしたコマンドガンダムは、怠けきったガンダムチームの現状を嘆き、再編と鍛錬を実施。その中から選び抜かれた精鋭部隊「G-ARMS」を結成する。
鍛え上げられたG-ARMSは、やがてザタリオン正規軍とも互角に渡り合える戦力へと成長。しかし、戦局の裏ではザタリオン軍の親衛隊「SS」や、ザタリオンを陰から支配する悪しき機械生命体・フューラーの存在が暗躍し、戦いはより苛烈さを増していくのだった。
