頑駄無軍団と闇軍団との戦争をはじめ、数多くの光と闇の戦いが繰り広げられてきた武者の国――天宮<アーク>。そんな地に、再び新たなる闇の勢力が姿を現す。その名は「天魔軍団」。彼らは頑駄無軍団への侵略戦争を開始した。
平和を脅かす天魔軍団に対抗すべく、頑駄無大将軍は精鋭の武者たちを集め、特別チーム「機動烈士隊(討魔光刃隊)」を結成。天魔軍団討伐の任務に当たらせていた。
ある日、機動烈士隊は焼き払われた村の跡地で、一人の少年・羽丸を救出する。同じ頃、天魔軍団に果敢に立ち向かう一匹狼の武者頑駄無「武者ウイングゼロ」も姿を現す。
その後、羽丸は機動烈士隊の新メンバーとして迎え入れられるが、誰も知らなかった――羽丸とウイングゼロが同一人物であることを。そして、この戦いが、かつてより何度も繰り返されてきた「光と闇」の最終決戦であることも、まだ誰にも知られていなかった──。