改元を目前に控えた2019年、日本の上空に突如として異次元の裂け目が出現。その先に広がっていたのは、天地が逆転した「真国日本」という異世界だった。かつての軍国主義を保ち、永遠の昭和を続けるこの並行世界は、「幻霧」と呼ばれる現代兵器を無効化するガス兵器や、「伽藍」と呼ばれる巨大な人型兵器を駆使し、日本への軍事侵略を開始する。
その侵略は瞬く間に政府を掌握し、日本は事実上征服されることとなる。元号が「令和」へと変わることはなかった。
それから10年後、日本は真国の属国となり、検閲は激化。漫画、アニメ、アイドルといったかつて栄えたサブカルチャーは壊滅状態に追い込まれたかのように見えていた。しかし、そんな中にひとつの言葉が現れる――「Otaku is not dead!」
サブカルチャーを守るべく、真国に対抗する秘密結社「アラハバキ」が立ち上がる。彼らは「ガランドール」と呼ばれる主力兵器、そしてその動力源として戦う少女たちの存在を隠し持っていた。人々は、彼女たちを「電池少女」と呼ぶようになる──。