光の巨人・ウルトラマンが地球を去ってから40年後の世界。かつて科学特捜隊に所属していた早田進は、自身の一人息子・進次郎が生まれつき特殊な力を持っていることに悩んでいた。そんな折、旧知の同僚・井手から謎の異星人の存在を知らされたことで、早田は自身がかつてウルトラマンと同化していた記憶を取り戻し、ウルトラマンの因子が自分と息子に受け継がれていることを知る。
それから12年後。17歳となった進次郎は、突如現れた謎の敵・ベムラーに襲撃されるが、父・早田に救われる。その戦いの中で、自分の父がかつてウルトラマンだったことを知る。だが老いによって戦闘で追い詰められた早田を救うため、進次郎は井手から託されたウルトラマンスーツを身にまとい、何とかベムラーを撃退する。
戦いの後、進次郎は地球に異星人が流入してきているという現実を知り、やがて早田に代わる新たなウルトラマンとしての役割を託されることとなる。こうして進次郎は高校生としての生活を送りながら、地球の平和を守る新たなウルトラマンとしての使命に身を投じていく。
