鎧闘神出現
かつての戦いの地「機兵の谷」で発掘を行っていたロームフェラーの考古学者トレーズは、古代神バロックガンを発見。その封印を解く鍵となる天使族の巫女を手に入れるため、無人機「従機兵<デ・ドール>」を操る軍隊「創世軍オズワルド」を結成し、ユニオン軍への攻撃を開始する。
オズワルドから逃れる天使族の姫リリーナだったが、兄弟守護天使の兄ミリアルが敗北し窮地に陥る。その時、守護天使の弟ヒイロはスペリオルドラゴンの与えた力で「騎士ウイングガンダム」へ、さらには巨大な「鎧闘神」へと変身した。一方、世界各地でもスペリオルドラゴンの力を受けた四人の操る機兵がオズワルドへの反撃を開始した。
超絶! 巨大変身
鎧闘神ウイングと四体の機兵はオズワルドを圧倒するが、電光騎士ゼクスの駆る雷迅将トールギスを含む三機兵に敗北。ウイングは石化させられる。仲間を失った四騎士も、心を一つにすることで闘神への変身を遂げ、リリーナの祈りによりウイングも真の覚醒を果たす。
黒い鎧闘神
五闘神の力によって三機兵が合体したギガトールギスを撃破するも、バロックガンはゼクスを魔力で「騎士エピオン」、さらに「鎧闘神エピオン」へと変貌させる。ゼクスが兄ミリアルであることを知ったウイングは戦えず、エピオンに敗北。そこにアルガス王国の四闘神パートナーたちが伝説のアイテムと獣機を引き連れて駆けつける。騎士エックスの力でウイングも復活し、最終的にエピオンを古代神の呪縛から解放する。しかし、リリーナは天使ドロシーによりバロックガン復活のため連れ去られる。
光臨の超鎧闘神
リリーナを取り込んだバロックガンは完全復活を果たし、かつての配下である近衛騎士団を従えてスダ・ドアカ世界を侵蝕。一方、スペリオルドラゴンの導きで石化されていたシャッフル騎士団が解放され、新生アルガス騎士団が覚醒。闘神たちも新たな力を得て、神託の伝説の神器を手にした守護騎士団は覇界神との最終決戦に挑む。激戦の末、超鎧闘神とユニオン族が勝利を収める。
戦いが終わり、スペリオルドラゴンの力によって超鎧闘神とバロックガンは融合し、新たな神へと転生。スダ・ドアカ世界は新たな神と新生アルガス騎士団に守られ、スペリオルドラゴンは新たな次元へ旅立つ。
