故事背景發生在《新SD鋼彈外傳 黃金神話》之後數年、由太古時代與超越之龍對抗的古代神バロックガン，在當世再度復活、洗牌（シャッフル）的勇者被石化之後，《吉翁萬歲編》中出場的アルガス騎士團的五名繼承者，開始踏上打敗古代神バロックガン的道路。
