宇宙監獄サルガッソに収監されていた囚人たちは反乱を起こし、サルガッソを占拠。そこを拠点に惑星狩りを開始し、地球もその標的となる。
大堂寺炎、広瀬海、沢邑森、風祭翼、刃柴竜の5人の高校生たちは、宇宙警察機構のブレイブ星人から勇者ダグオンの力を与えられ、サルガッソ囚人から地球を守り、自分たちの未来を守るため、勇者高校生としての青春を駆け抜けていく。
戦いが激化する中、宇宙剣士ライアン、黒岩激、ガンキッド、宇津美雷も仲間に加わる。しかし、サルガッソは悪名高いワルガイア三兄弟が掌握し、組織化が進むとともに、ダグオン排除を最大の目的とするようになる。
激闘の末、ワルガイア三兄弟を倒したダグオンチームの前に、サルガッソ事件の黒幕である超生命体ジェノサイドが姿を現す。ジェノサイドはファイヤーダグオンを乗っ取った状態で地球と融合し、山海市以外を掌握してしまう。エンはパワーダグオンで強制的にファイヤーダグオンと合体し、スーパーファイヤーダグオンとなって地球との融合を解除する。精神世界での戦いの末、スーパーファイヤーダグオンごとジェノサイドを倒すことに成功するが、エンは爆発の中に姿を消してしまう。
エンとデートの約束をした戸部真理亜は、エンを待ち続けるが、他のダグオンメンバーやマリアの弟であり、ダグオンの正体を知った戸部学と共に待ち続けるものの、エンはなかなか帰ってこない。諦めて帰宅しようとしたマリアの前に、ボロボロの姿ながらもエンが現れ、仲間たちは駆け寄るのだった。
