「ラプラス事変」と呼ばれた宇宙世紀憲章をめぐる戦いが終結し、数か月が経過した宇宙世紀0096年。 既存の兵器体系を根本から覆す性能を示したサイコフレームを改めて脅威と認識した地球連邦政府は、サイコフレームの調査のために第二次ネオ・ジオン抗争で廃墟となった小惑星アクシズへ特殊部隊マスティマを派遣する。 ジオン公国出身のアルレット・アルマージュとダントン・ハイレッグは、マスティマの道案内を依頼されアクシズに潜入するが、そこでブッホ・ジャンク社の私兵武装集団バーナムと遭遇する。
