ダーリン・イン・ザ・フランキス

高いエネルギー効率をもつ「マグマ燃料」の採掘によって地殻変動や環境破壊が進んだ世界。荒廃した地上で生き抜くため、人類は巨大移動要塞都市を建造し、その中で生活していたが、謎の巨大生物叫竜（）が出現し、平和を脅かしていた。これに対抗するため、天才科学者集団「APE」はフランクスという男女二人乗りの巨大兵器を開発。そのパイロットであるパラサイトとするためだけに、名前ももたないコドモ達を育成していた。

第一部（第1話 - 第6話）

フランクスと同調する力を失い、自身の存在価値を見失っていた第13都市部隊のパラサイトであるヒロは、ある日、APE直属部隊「9's」のエースパイロットで叫竜の血を引くとされる少女・ゼロツーと出会い、彼女から興味を持たれる。ヒロの同級生たちが正規のパイロットとして認められる入隊式の日、第13都市を襲ってきた叫竜を倒すために、ヒロはゼロツーが乗るフランクス・ストレリチアを起動させることに成功し、叫竜を圧倒的な力で撃破する。自分の居場所を見出したヒロは、周囲の反対や不信にさらされながらも、パートナー殺しの悪名がうわさされるゼロツーと共に戦うことを決意。肉体の異変に悩まされながらもゼロツーとの同調を成し遂げ、彼女と正式なパートナーとなる。

第二部（第7話 - 第15話）

パラサイトとして認められたヒロとゼロツーを加えた13都市部隊のコドモたちは、本来経験することのない思春期によって変化する男女間の関係に翻弄されながらも、叫竜との戦いを勝ち抜き、グランクレバスと呼ばれる叫竜の巣窟へと近づいていく。そんな中、竜化が進み精神的に不安定になったゼロツーは、人間になりたいという思いから、次第にヒロを消耗品のようにあつかう戦いを行うようになるが、その過程でゼロツーの意識と深くつながったヒロは、幼少期にゼロツーと出会っていたことを思い出す。ゼロツーの独断行動を危険視したコドモたちや上層部の判断で、ゼロツーは9'sに帰還するが、グランクレバス制圧作戦の最中、ゼロツーを大事な存在と再確認したヒロは、仲間の助力を得て孤軍奮闘するゼロツーと邂逅。お互いの気持ちを確かめ合った2人はストレリチアの能力を最大限に引き出し、グランクレバスの制圧を果たす。

第三部（第16話 - 第19話）

グランクレバス戦から約1ヶ月が経過した頃。第13都市は壊滅的な損害を受け、ヒロたちの住処であるミストルティンへの補給も滞りがちになり、それまで世話をしてくれていたオトナ達も姿を現さなくなったため、第13都市のパラサイトたちは自給自足での生活を余儀なくされる。ヒロたちはその中でさらに絆を深め合い、ゼロツーへの猜疑心も払拭され、彼女を完全に仲間として受け入れていた。そんなある日、9'sが第13都市を訪れ、ココロが出産に関する本を持っていたことを咎める。男女で命を生み出せることに未来への希望を抱いていたココロは悲しみ、ショックを受けるが、ミツルはココロに好意を告白し、彼女と肉体関係を持つ。

同じ頃、七賢人のうち2人が「叫竜の姫」と呼ばれる少女の元を訪れ、人類と叫竜の戦争を終わらせるために降伏勧告を行う。しかし姫はそれを無視して2人を殺害する。

翌日、ミストルティンを破棄することを告げられた第13都市のコドモたちは、ヒロの提案によりミツルとココロが結婚式を挙げることになるが、結婚式の途中に9'sとAPEの部隊がミストルティンを襲撃し、ミツルとココロがAPEに拉致される。そしてパラサイト強制収容所「トリノス」に移動した第13都市のパラサイト達は、ミツルとココロがAPEに記憶を操作されたと知り、オトナに対して不信感を募らせ、第13都市部隊は次作戦が終わり次第、APEの保護下から離れることを宣言する。

第四部（第20話 - 第24話）

あくる日、グランクレバスの地下に眠っていた最終兵器「スターエンティティ」を使い、叫竜を全滅させる最終作戦が決行され、ストレリチアはスターエンティティと接続するためにグランクレバスの最下層を目指す。だが、そこに叫竜の姫こと001が現れ、今まで戦ってきた叫竜は彼女たち叫竜人が作ったものであり、フランクスもそれを元にしていること、その目的は宇宙からの侵略者「VIRM（ヴィルム）」に対抗するためであったことを明かす。001はゼロツーをストレリチアから強引に降ろしてスターエンティティと接続するが、七賢人の中に混ざっていたVIRMのスパイによって細工が施されており、001が乗り込んだ時に地球を消滅させる超巨大爆弾と化すようになっていた。ヒロが001とコネクトして時間を稼ぐ間、第13都市部隊の援護を受けてスターエンティティにたどり着いたゼロツーは、瀕死のヒロとコネクトを試みる。その姿に感心した001は、地球を守るために自身の力を全てヒロとゼロツーに託し、スターエンティティは真の姿、ストレリチア・アパスに進化を遂げ、VIRMの斥候部隊を退けた。しかし、ゼロツーはVIRMの本隊を叩くために自分の意識をストレリチアに宿し、身体とヒロを地上に置いて叫竜たちと共に火星周辺宙域へと旅立ってしまう。

戦いの後、コドモ達は生きる糧を得るために力を合わせて地上の開墾に乗り出すが、マグマ燃料の枯渇で荒れ果てた大地には植物が根付くことはなかった。さらにココロの妊娠やイチゴの過労など、第13都市部隊も様々な理由で追い詰められていた。そんな折、ヒロはゼロツーと一瞬だけ意識をつなぐことができ、彼女が火星で戦い続けていることを知る。ヒロは火星に旅立つ意志を仲間に伝えるが、仲間を置いて1人だけ死にに行くような真似を許せないゴローに鉄拳制裁を受ける。

翌日、ヒロは一人旅立とうとするが、第13都市部隊、そして9'sもヒロと旅立つ決心をしていた。妊娠しているココロと、彼女に付き添うミツルを残し、一行は叫竜の姫の残した宇宙船で火星を目指す。VIRMの激しい攻撃をかわし、ヒロはアパスに乗り込む。ゼロツーとヒロがコネクトすると、アパスはストレリチア・真アパスに変化。二人は叫竜人の残したワープゲートを通り、敵の母星を目指す。ゲート通過から783日、ついにアパスはVIRMの母星に近づく。だがヒロの意識をVIRMに奪われ、アパスは窮地に陥る。ゼロツーの助けを求める声を感じとった地球では、人間たちが天に向かって祈る。祈りで意識を取り戻したヒロはゼロツーと一体化し、VIRMの母星を破壊するが、ストレリチアと完全に一体化していた彼らは母星の爆発に巻き込まれて消える定めにあった。ヒロとゼロツーは最後の瞬間まで愛を誓いあい、いつの日かまた生まれ変わって再会することを願いながら消滅していった。同時に地上に残されたゼロツーの身体も消滅し、そこからは桜の木が芽生えた。数日後、地球に帰還した叫竜たちは地下に潜って土に還り、大地は再び緑を取り戻す。

それから8年、人類はマグマ燃料の使用を中止し、元第13都市部隊のコドモたちも大人になって子供を授かり、自給自足の生活をしながら少しずつ繁栄を取り戻していった。そして、長い長い年月が経ったある日、あの桜の木の陰で絵本を読んでいた少年と、桃色の髪の少女が出会う場面で、物語は締めくくられる。