広い銀河の果てまでも、悪を叩いて流れ星。行く手を阻むか宇宙の地獄。怒れ正義のダイケンゴー!（オープニングナレーションより）
将軍ロボレオン率いるマゼラン帝国の銀河系侵攻に対して、銀河連盟は主星エンペリアスを中心に迎え撃つものの、圧倒的な戦力比により劣勢に陥る。エンペリアスの第1王子であるザムソンは、ロボレオンとの一騎討ちに敗れ、その命を落としてしまう。
マゼランの勢力に対抗するには950年周期でエンペリアスに接近する彗星「魔神の星」の力を借りて、守護神「ダイケンゴー」を復活させるしかない。覚醒したダイケンゴーと共にマゼランに立ち向かうことを決意する第2王子・ライガーだったが、エンペル王はライガーの弟・ユーガーをパイロットに任命した。
しかし出発当日、無断でダイケンゴーに乗り込んだライガーは王の制止を振り切り、発進させてしまう。ライガーは同乗したクレオとアニケ・オトケと共にダイケンゴーを駆り、反撃を開始するが、直後にロボレオンからダイケンゴーを引渡すことを条件に和平交渉を行いたいという話を持ちかけてきた。しかしライガーはそれを連盟を降伏させる罠だと拒否、それを不服とした王は苦渋の決断の末、ライガー討伐の指示を出した。
連盟をも敵に回してしまったライガーたちだったが、それでも戦い続けることを決意する。ライガーは父の誤解を解き、銀河系に平和を取り戻すことができるのか。
