2016年、日本の富山県の立山に国連主導で造られた「国際連合黒部研究所」が置かれ、過去にその地で発掘された「アーティファクト」と呼ばれる遺物の研究や、人型機動兵器の「ジオフレーム」の実験が行われていた。
ある夏の日、研究所所長の娘である白羽由希奈は、母が忘れた携帯端末を届けようと友人の荻布美夏と二人で研究所を訪れる。だが、突然現れた謎の飛行物体が富山周辺へと落下。落下地点から多数のロボットが出現し、研究所を襲撃する。守備隊が相手を迎撃する中、由希奈が触れたアーティファクトの「ザ・キューブ」から裸の男が飛び出し、彼女を「姫」と呼んで敵に立ち向かった。
由希奈をかつての主の女性である雪姫と間違えたその男は、青馬剣之介時貞と名乗った。彼は、今から約450年前の戦国時代の人間だという。剣之介と由希奈が搭乗したことで、突如起動して敵を退けたアーティファクトの「クロムクロ」と共に、剣之介は研究所の人々に拘束され、調べられることになる。
現在が自分のいた時代から遥か未来だということが信じられず混乱する剣之介。彼の素性に半信半疑な由希奈だが、研究所側は剣之介を危険人物ではないと判断し、首輪型スタンガンを付けつつも彼を解放する。そして彼は由希奈の伯父の家で生活することになり、彼女が通う「立山国際高校」にもクラスメイトとして転入する。
一方、地球の衛星軌道上には1隻の巨大な宇宙船が居座り、世界各地へジオフレームを降下させていた。生体認証でクロムクロが剣之介と由希奈にしか動かせなくなったことから、彼らは研究所の戦力として軍属になり、高校のクラスメイトのソフィー・ノエルや研究所の仲間たちと共に、剣之介が「鬼」と呼ぶ謎の敵と戦う日々が幕を開けるのだった。
