かつて「厄祭戦」と呼ばれた大規模な戦争があり、その終結から約300年が経過した。
地球圏では旧来の統治体制が崩壊し、新たな支配構造のもとで新しい世界秩序が築かれていた。仮初めの平和が訪れたかに見えたが、火星圏では新たな争いの兆しが生まれつつあった。
主人公・三日月・オーガスが所属する民間警備会社「クリュセ・ガード・セキュリティ（CGS）」は、火星都市クリュセの独立を目指す少女クーデリア・藍那・バーンスタインの護衛任務を請け負う。しかし、これに反発した地球側の武力組織ギャラルホルンが介入し、CGSを襲撃。混乱の中、大人たちは三日月たち少年を囮にして撤退を図る。
少年たちのリーダーであるオルガ・イツカは、これを契機に自分たちを虐げてきた大人たちに反旗を翻し、クーデターを決行。オルガからギャラルホルンへの対抗を託された三日月は、CGSに動力源として保管されていた「厄祭戦」時代のモビルスーツ――ガンダム・バルバトスに乗り込み、戦いに身を投じていく。
