高校生の渡瀬青葉は、2014年の夏休み明けに開催された始業式の際、突然現れた謎の巨大ロボットに追われることになる。このロボットの操縦者は青葉に異常な執着を示し、攻撃を加えてくる。追い詰められる青葉の前に、彼の同級生である弓原雛がバイクで駆けつけ、彼を特定の場所へと導く。その場所で雛は別の謎の巨大ロボットを操り、敵のロボットと戦闘を繰り広げるが、敵機は最終的に自爆する。爆発の光に包まれる中、未来へ行くことを悟った雛によって「ディオが待っている」という意味深な言葉を聞かされた青葉は意識を失う。
意識を取り戻した青葉は雛の姿が消えており、自身が「ルクシオン」というバリアンサーに乗っていることに気付く。彼がいる場所は激戦の真っただ中であり、自由条約連合軍の戦艦「シグナス」はルクシオンからの信号を探知していた。ルクシオンの同型機「ブラディオン」のパイロットとの通信を通じて、そのパイロットが雛が言及していたディオ・ウェインバーグであることが判明する。雛の言葉が真実だったことを知り、青葉は2014年から2088年の未来へと時空を超えていた。この未来では自由条約連合と大ゾギリア共和国が戦争を展開していた。
連合軍の航空艦「シグナス」に搭乗し、出撃した戦場で雛と名乗るヒナ・リャザンと再会する青葉。しかし、ゾギリアの兵士である彼女は青葉に銃を向け、理由もわからぬまま再び別れることになる。過去の自宅や学校があった場所を訪れた後、過去に戻る手段がないことを悟り、雛に会って話を聞くためにルクシオンの専任パイロットとしての道を選ぶ。
敵同士として戦い続ける中、青葉とヒナは無人島に墜落し、嵐の中で遭難するが何とか生き延びる。二人は再び別れるが、ヒナは青葉の人柄と、彼が語る雛の話に心を惹かれていく。
