西暦2300年。地球人類が外宇宙へ移民を開始して50年経過した遠い未来。地球人は2年前から移民を行っていたアンドロメダ星雲の植民星A-7・ソロ星で、異星人文明の遺跡を発掘。地球人類が外宇宙に進出して出会った6度目の異星人であることから、「第6文明人」と呼称された。
一方その時、伝説の無限エネルギー「イデ」の探索のために、「ロゴ・ダウ」（＝ソロ星）を訪れた異星人バッフ・クランと、地球人の移民が接触。さらに、無思慮な行動で本隊より離れたバッフ・クランの貴人カララ・アジバを捜索に出た下級兵士の発砲と、両者の疑心暗鬼により武力衝突へと発展。第6文明人の遺跡は合体し、巨大人型メカ「イデオン」となった。
主人公ユウキ・コスモらは戦いを終結するべく「戦意はない」ことを示すために白旗を上げるが、バッフ・クラン社会でのそれは「お前らを地上から抹殺する」という逆の意味だったため、事態はさらに悪化することとなる。地球人たちはイデオンで応戦しつつ、同じく発掘された宇宙船ソロ・シップに乗り込み宇宙へ逃れる。だが、その遺跡にこそバッフ・クランの探し求める無限力「イデ」が秘められており、カララを乗せたソロ・シップの脱出により、事態は局地紛争から星間戦争、そして最終的には人類対バッフ・クランの全面戦争へと突入してしまう。安住の地を求めソロ・シップは地球人側の移民星に逃げ込むが、無限エネルギー「イデ」を求めるバッフ・クラン側は執拗な追跡の手を休めない。
劇中さまざまな人間模様が繰り広げられ、ソロ・シップは艦内に不和を抱えたまま宇宙を逃走し続けるが、次第に「イデ」の目覚めにより宇宙規模の異変が起こる。
最後に「イデ」が発動し、人類とバッフ・クランの双方が滅亡する。
