在Zi行星上，存在著一種被稱為機械獸的金屬生物體。這些機械獸中有些擁有驚人的戰鬥力，但它們必須依賴特殊發電機產生的紅色凝膠作為能量來源才能運作。
古代，Zi行星曾經擁有超高科技文明，然而卻遭遇了一場被稱為**「眾神之怒」的大災難，導致整個文明毀滅。部分人類成功逃往天空**，在那裡建立了天空之都，而殘存在地面的生存者則逐漸失去了對古代科技的了解。經過無數世代後，古老的文明與天空之都的存在已成為傳說，而現在的人類所發現的機械獸，正是這些失落文明的遺產。
十多年前，迪加魯特帝國與天空之都訂立條約，獲得來自天空之都的科技，進行機獸的生產。然而，某個時間點開始，迪加魯特帝國突然變得極為強大，並開始積極對外侵略，征服其他國家，讓整個世界陷入戰火之中。
故事的主角路吉，居住在美洛都村。某天，村民從水中打撈出一隻名為「村雨長牙獅」的機械獸。不久後，迪加魯特帝國軍突襲村莊，路吉在緊急情況下成功操控村雨長牙獅擊退敵軍。然而，村莊賴以生存的樹狀發電機卻被敵軍摧毀，使村民面臨生存危機。
為了拯救村莊，路吉決定離開家鄉，尋找能修理發電機的技師。他的旅途中遇見了勒金（一個國家被迪加魯特帝國滅亡的基特藩國前國王）以及蕾美（基特藩國的前公主）。在旅程中，路吉與夥伴們陸續結識了可度娜、加拉加等戰友，並親眼目睹了迪加魯特帝國的殘暴侵略行徑。
隨著旅程的推進，路吉逐漸意識到即使找到技師修復發電機，迪加魯特帝國仍會再次襲擊村莊，這場戰爭並不會輕易結束。只要迪加魯特的侵略持續存在，整個世界都將陷入無休止的戰火之中。於是，路吉決定將討伐迪加魯特帝國視為首要目標，讓戰爭徹底結束。
在夥伴們的支持下，勒金成為討伐軍的領導人，開始號召各地反抗迪加魯特帝國的志士與人民，組織起強大的討伐軍，向迪加魯特帝國發起全面抗爭！
然而，隨著戰爭的深入，路吉等人發現了一個驚人的事實——天空之都其實一直與迪加魯特帝國進行交易，以獲取紅色凝膠。同時，天空之都也採取了一些手段來防止迪加魯特對自己構成威脅，但他們派遣至迪加魯特的成員竟然發動叛變，導致天空之都遭到毀滅性的攻擊！
面對這場突如其來的變局，路吉與討伐軍決定迎戰，與迪加魯特帝國的最終決戰即將展開！
