西暦2007年。天海護とギャレオンが宇宙へ旅立ってから1年後。GGGは、エヴォリュダーに転生した獅子王凱の新たな機体・ガオファイガーを主軸とし、凱の従姉妹ルネ・カーディフ・獅子王が属する対犯罪組織シャッセールと協力しながら、国際犯罪組織バイオネットとの戦いに奔走していた。
そんな中、護とギャレオンが帰還。しかし彼らは世界中のGGG施設を強襲し、地球上で発掘されていた謎の物質Qパーツと旧ガオーマシンを強奪する。スターガオガイガーとなった護にガオファイガーで挑む凱は、新旧勇者王対決を制し、地球に帰還した護とギャレオンがQパーツの本来の姿であるパスキューマシンによって作られたレプリジンであることが判明。その背後には、パスキューマシンの真の持ち主にして、三重連太陽系の守護プログラム・ソール11遊星主の存在があった。
木星決戦で消息不明となっていた戒道幾巳から、GGGは遊星主が三重連太陽系を復活させようとしている影響で、太陽系が宇宙収縮現象によって滅びに向かっていることを知らされる。
宇宙を救うべく、GGGはギャレオリア彗星を使い三重連太陽系へ向かうが、遊星主の罠により次々と堕落させられ、凱は捕虜となってしまう。GGGはセミ・エヴォリュダーの力で回復した卯都木命を中心に反撃を開始し、本物の護とも合流。捕虜となっていたソルダートJと凱の救出にも成功し、対遊星主の切り札・ジェネシックガオガイガーも復活を果たす。
激闘の末、GGGは遊星主に勝利。消滅していく空間に取り残されたGGGは、最後の力を振り絞り、護と戒道の2人を復活した三重連太陽系である現在の太陽系へと送り返す。
1年後の2008年。GGGの帰還を祈る石碑の前に、護たちの姿があった。
