在動畫版故事結束的2年後，作為保護地球對抗外星威脅者的GGG對犯罪組織バイオネット(BIO NET)進行追查，但追查的同時GGG捲入了Q零件（Qパーツ）的秘密，此時為了重建三重連太陽系而生的索路11遊星主搶走Q零件並成為GGG新的敵人，為了阻止遊星主的意圖，GGG前往理應已毀滅的三重連太陽系，並在當地進行最後的決戰……