公元2201年(《機動戦艦ナデシコ》故事後的三年)，地球軍與木連和解，世界大致回復和平，天河明人及御統百合香因意外身亡後，星野琉璃回歸軍方成為連合宇宙軍史上最年輕少校，擔當 戰艦「撫子號B」艦長。前木連軍官「草壁春樹」組織起名為「火星繼承者」的部隊背叛，掌握了空間跳躍遺跡的他，佔盡上風，而大家以為早已身亡的天河明人突然出現，但卻不像是為幫助琉璃而來。 草壁軍勢日強，連合軍知道情況後，要琉璃，她決意前去召集最優秀的人材，即是前Nadesico的船員，此時，她得知天河因為「火星後繼者」捉去作實驗而引起五感混亂，再也無法做他最愛的拉麵，而他就只為救出百合香和復仇而戰。眾前船員到月球取新形戰艦Nadesico C，然後以空間跳躍直接到達火星，跟草壁大軍進行最後決戰......