公元2195年，神秘的敵對兵器群「木星蜥蜴」突然出現，以壓倒性的戰鬥力迅速佔領了火星殖民地與月球背面。同時，地球各地也遭到「鬱金香」母艦的降落，戰火即將波及整個太陽系。
與此同時，民間企業尼爾加重工（NERGAL）秘密完成了實驗戰艦ND-001「撫子號」（ナデシコ，Nadesico）的建造。這艘戰艦擁有當時最先進的技術，即使面對木星蜥蜴的強大兵器，依舊展現出技術優勢。其裝備包括扭曲力場（Distortion Field）防護罩與重力波砲，使撫子號成為當時唯一能與木星蜥蜴抗衡的戰艦。然而，由於尼爾加重工採取了「能力一流，不問性格」的選拔方針，結果導致整艘戰艦上的成員全都是個性獨特、充滿戲劇性的人物。
本作的主角——天河明人，是一名出生於火星的青年。某天，他在機緣巧合下與兒時玩伴御統百合香重逢，為了再次見到她，明人一路追隨，結果意外登上了即將出航的撫子號。起初，他只是被聘為戰艦上的廚師，但因一場突發事件，迫使明人臨時駕駛艦載機動兵器「艾斯特巴利斯」（Aestivalis）投入戰鬥。
故事講述撫子號上的成員如何在戰火中成長，他們一方面與木星蜥蜴激戰，另一方面又要對抗地球政府的吞併壓力，力求獨立自主。隨著戰鬥的進行，他們逐步揭開了隱藏在戰爭背後的驚人真相……
